Zrodu a šíreniu siekt sa v dejinách nevyhlo ani Rusko. Vznikali v prostredí, ktorého duchovnú tvár po stáročia formovalo pravoslávie. Ruská pravoslávna cirkev bola dlho závislá od carihradského patriarchátu. Preto keď v roku 1453 Turci dobyli Carihrad, vznikli obavy, že turecký sultán bude prostredníctvom carihradského patriarchu vyvíjať vplyv na voľbu ruského patriarchu. Tieto obavy zatlačilo rastúce presvedčenie, že po starom Ríme, ktorý padol v 5. storočí, a novom Ríme (Carihrade) nastal teraz čas pre tretí Rím - Moskvu. Do ruského znaku sa dostal dvojhlavý orol a cirkev sa začala odpútavať od vplyvu Carihradu. Ruská cirkev si svoje záležitosti usporiadala na synode roku 1551. Týkali sa najmä bohoslužieb, správy cirkevných obvodov, súdnictva a duchovenstva. Uznesenia boli zhrnuté do sto kapitol. Odtiaľ pochádza aj názov tejto synody Stoglav. Počas vlády Ivana Hrozného (1553 - 1584) sa cirkev dostala pod vplyv cára, ktorý sa zaujímal o teologické otázky.

Roku 1591 bol moskovský patriarchát uznaný ako piaty medzi patriarchátmi východnej ortodoxnej cirkvi. V polovici 17. storočia za patriarchu Nikona došlo v Ruskej pravoslávnej cirkvi k otrasu. Nikon presadzoval reformy liturgických textov v bohoslužobných knihách. Nastal rozkol (1653), v dôsledku ktorého sa od cirkvi oddelili mnohí, čo verili starým spôsobom. Nazývali sa staroverci (rozkolníci, staroobradníci). Šlo im o nedotknuteľnosť starej národnej tradície ruského pravoslávia. Lipli na minulosti s jej obradmi a zastávali ritualizmus, preto odmietali liturgické zmeny, ktoré Nikon zaviedol. V roku 1666 sa rozdelili na popovcov a bezpopovcov. Časť popovcov sa v roku 1800 zjednotila so štátnou pravoslávnou cirkvou s označením jedinoverci, teda zjednotení veriaci. Bezpopovci zostali na pozíciách radikálnych starovercov bez kňazov. Od 17. storočia ich viedli starší a učitelia. Odmietali štát, prísahu a vojenskú službu.

Vnútorné spory ale neboli jediným problémom ruskej cirkvi. Za cára Petra Veľkého (1689 - 1725) nastal konflikt s patriarchom. Rozpor skončil cárovým zrušením moskovského patriarchátu v roku 1721. Namiesto neho zriadil Najsvätejšiu synodu. Bol to zbor pozostávajúci z 13 duchovných osôb a prokurora, ktorý zastupoval cára. Správa štátu a cirkvi sa tak dostala do cárových rúk, ktorý sa stal fakticky jej hlavou. Tým došlo k cézaropapizmu známemu už z Byzantskej ríše.

Napriek zrušeniu patriarchátu Peter Veľký nebol proti cirkvi. Podporoval ju rôznymi vnútrocirkevnými reformami, zriaďoval vedecké teologické ústavy, záležalo mu na dôkladnejšom vzdelaní duchovenstva. Za cára Alexandra I. (1801 - 1825) boli v Rusku povolené i iné náboženské vyznania, okrem siekt. Súčasne sa množili rôzne proroctvá a vízie o revolúcii v Rusku aj vo svete. Počas vlády Mikuláša I. (1825 - 1855) začala silnieť politická i cirkevná reakcia, vládol tuhý absolutizmus, ktorého hlavným predstaviteľom bol profesor cirkevného práva Konštantín Pobedonoscev. Toho odstránila revolúcia roku 1905. Najsvätejšia synoda bola zrušená až po revolúcii roku 1917. Ruskú pravoslávnu cirkev opäť začali viesť patriarchovia, no boľševická revolúcia priniesla prevratnú zmenu spoločnosti. Moskovským patriarchom sa stal Tichon. Cirkev sa znovu začala štiepiť. Až jeho nástupcovi Sergejovi sa podarilo tieto rozkoly odstrániť.