Rané kresťanstvo v prvých storočiach veľmi intenzívne zápasilo s gnosticizmom a Cirkev len ťažko unikala jeho vplyvu. Veľké množstvo rozličných gnostických siekt prinášalo lákavé teologické pohľady a náuky. V druhom a treťom storočí mali silný vplyv najmä valentínske a marcionske spoločenstvá. Ešte počas vieroučného sporu Cirkvi s týmito systémami sa objavil nový filozoficko-teologický smer. Prichádzal z Blízkeho východu a svojím pôsobením postupne získaval čoraz väčšiu popularitu, takže oslovil široké vrstvy ľudí. Reč je o manicheizme. K jeho rýchlemu šíreniu prispel jeho synkretický charakter, univerzalizmus a asketizmus. Tento nový duchovný prúd bol syntézou viacerých náboženských smerov. Obsahoval prvky starobabylonskej teozofie, staroperzského dualizmu Zarathustru, budhistickej askézy, mozaizmu, ako aj kresťanstva. Cirkev musela vynaložiť na jeho potlačenie veľké úsilie.

Manicheizmus dostal pomenovanie po svojom zakladateľovi Máním. Mání bol Part. Narodil sa okolo roku 216 v Babylonii. Jeho otec bol stúpencom jedného z tzv. krstiteľských spoločenstiev, ktoré kládli dôraz na obrady rituálneho očisťovania. Do týchto náboženských praktík zasvätil tiež svojho syna. Ten ale v dospelosti založil vlastný duchovný smer. Tvrdil, že mal zvláštne zjavenia a vízie, o ktoré sa vo svojom učení opieral. Sám seba predstavoval ako Kristom prisľúbeného Parakléta (Potešiteľa), ktorý prináša svetu pravé poznanie a zjavuje pravú cestu spásy. Svoje pôsobenie začal okolo roku 240 medzi Indmi a následne vo svojej vlasti, v Perzii. Kráľ Šápúr I. mu síce povolil verejne učiť, avšak počas vlády perzského kráľa Bahrama I., ktorý bol vyznávačom zarathuštrizmu, bol Mání uväznený. Zomrel v roku 276 alebo 277.

Máního učenie malo charakter dogmatického mýtu. Od počiatku manicheizmus prejavoval silný misijný charakter. Kľúčové postavenie v tomto náboženstve zaujímala kozmológia postavená na radikálnom dualizme. Ten tvoril zvláštnu zmes protikladných téz: duch a hmota; dobro a zlo; svetlo a temnota; Boh dobra a Boh zla; kráľovstvo svetla a kráľovstvo temnoty. Boh v tomto učení stojí na čele kráľovstva svetla. Temnota - zlo sa tu stotožňuje s matériou (hmotou). Je to miesto, kde prebývajú démoni a satan. Dejiny sveta sú podľa manicheizmu dejinami boja dvoch síl: svetla a temnoty. Satan a démoni občas medzi sebou bojujú, avšak zjednocujú sa, aby spoločne porazili kráľovstvo svetla.

Emanáciou Boh vydal zo seba Matku Života (Čnosť), z ktorej tiež prostredníctvom emanácie pochádza prvý človek. Démoni ukradli synovi Čnosti iskry svetla. Usilovali sa uväzniť svetlo duše tým, že podľa obrazu prvého človeka utvorili Adama a jeho telo oživili ukradnutým svetlom. Adam dostal duchovnú dušu, pričom o tom vôbec nevedel. Aby spoznal pravdu o sebe, potreboval zjesť ovocie z raja, ale satan mu v tom bránil. Preto prvý človek povolal k bytiu Ježiša, ktorý v podobe hada priviedol Adama k myšlienke zjesť rajské ovocie a spoznať tak pravdu. Satan potom stvoril Evu. V Adamovi sa prebudila žiadostivosť, a tak sa začali rodiť deti. Tým sa začalo predlžovať uväznenie svetla v hmotnom tele. Človek má v sebe dve protikladné duše: materiálnu a duchovnú (svetlo). Hriech je zviazaný s materiálnou dušou. Je teda možné hrešiť a pritom ostať čistým. Kristus mal podľa Máního iba zdanlivé telo. Spásu možno dosiahnuť len prostredníctvom absolútneho rozdelenia oboch prirodzeností, totiž hmoty od ducha. V prípade človeka sa to dosahuje skrze oddelenie hriešneho tela, vďaka čomu človek získava prvotnú čistotu duše. V manicheizme zaujímali Kristus a Parakletos významné miesto. Ježišovo umučenie strácalo historický význam, ale zachovalo si mystický charakter a bolo dôležité pre spásu.

Manichejci podobne ako mnohé iné sekty využívali apokryfy ako jeden z prameňov pre svoje teologické učenie. Svedčí o tom napríklad i sv. Augustín vo svojom spise Proti Faustovi. Čerpali najmä z tých spisov, v ktorých dominuje téma zápasu o mravnú čistotu a čistotu duše vo všeobecnosti. Z analýzy zachovaných textov odborníci usudzujú, že manichejci poznali a používali najmä apokryfy Skutky Jánove, Skutky Petra, Skutky Ondreja a Skutky Pavla. Sám Mání sa odvolával na apokryf Skutky Tomáša. Zaujímavé je, že novozákonný spis Skutky apoštolov manichejci takmer vôbec nepoužívali. Aj sv. Augustín podáva svedectvo, že preferovali mimobiblické, nekánonické spisy.

Nápadné je, že celá biblická náuka o pôvode kozmu, sveta a človeka sa tu interpretuje v úplne protichodnej rovine, a to tak, že teologicky protirečí starozákonnej židovskej i kresťanskej náuke. Biblického Boha vlastne označuje za temnú silu škodiacu človekovi a nie ako milujúceho, jediného a spásneho Boha. Takisto novozákonná teológia postavená na živote a vykupiteľskom diele Ježiša Krista, najmä na veľkonočnom tajomstve, je v manicheizme úplne odlišná. Znehodnocuje cenu manželstva, ktoré má v biblickej teológii význam nielen pre pozemský život, ale i vo vyjadrení vzťahu Boha k človekovi, ľudskej duši a Ježiša Krista k Cirkvi.

Manichejské spoločenstvá sa delili na dve skupiny: vyvolení (electi) a počúvajúci (auditores). Každú z týchto skupín charakterizovali určité znaky. Vyvolení boli nositeľmi znamenia úst, rúk a bedier. To znamená, že nejedli mäso, nepili víno, nevlastnili nijaký majetok, nevykonávali fyzickú prácu a zdržiavali sa manželstva a pohlavného života. Úplne sa oddávali pôstom a umŕtvovaniu. Praktizovali prísnu askézu. Skupinu tzv. počúvajúcich zase tvorili masy veriacich, ktorí boli povinní podporovať vyvolených, preto sa im dovoľovalo uzatvárať manželstvá, plodiť deti, pracovať a jesť mäso. Viazalo ich zachovávanie desiatich prikázaní a povinnosť živiť vyvolených.

Organizácia sekty bola osobitá. Vyvolení tvorili celú hierarchiu sekty a delili sa na tri skupiny: na hlavu cirkvi (Mání a jeho nástupcovia), dvanástich apoštolov (čiže učiteľov), biskupov a kňazov. Okolo nich sa zhromažďovali zástupy veriacich (počúvajúcich). Sviatosti v tom zmysle, ako ich poznala a chápala raná Cirkev, manichejci nemali. Ich kult a náboženské obrady pozostávali z piesní, hymnov a rôznych modlitieb. Často dodržiavali rozličné pôsty.

V druhej polovici 3. storočia sa sekta rozšírila v Sýrii, Arábii a Egypte a v nasledujúcom storočí sa jej stúpenci objavili aj v severnej Afrike, Palestíne, Malej Ázii a Grécku. Ich učenie a pôsobenie preniklo taktiež do Talianska a Španielska. V 5. storočí začala sekta postupne zanikať, avšak vplyvy manicheizmu pretrvali v rôznych duchovných smeroch aj v neskorších storočiach. Na Východe mal manicheizmus veľký vplyv v Indii, Číne a Turkménsku, kde svoj zlatý vek prežíval ešte v 7. a 8. storočí. Istý čas k jeho prívržencom patril aj sv. Augustín (354 - 430), ktorý neskôr najmä na základe rozhovorov so sv. Ambrózom (340 - 374), biskupom v Miláne, ako aj hlbokým štúdiom Svätého písma toto učenie odmietol a prijal kresťanskú vieru.