Okrem diabla existuje podľa bogomilov i Boží duchovný svet. Duša človeka pochádza od Boha, ale sa od neho odlúčila, takže upadla do rúk diabla, ktorý ju telesne spútal. Aj udržiavanie života, napríklad manželstvo, patrí k satanovmu dielu. Z odporu voči životu bogomilovia hlásali askézu v jedle, nápojoch i manželstve. Tak ako Markion, aj oni odmietli Starý zákon a z Nového zákona ponechali len mravné zásady. Pravý Boh sa podľa bogomilov nemôže spojiť s nečistou hmotou, preto odmietali Kristovu ľudskú prirodzenosť, ako i jeho telesné utrpenie na kríži a vzkriesenie.

Zbytočné boli podľa bogomilov aj sviatosti. Kristus podľa nich nespasil svet svojou obetou, ale učením. Bogomilovia odmietali všetko viditeľné a telesné, resp. pokladali to za zbytočné. Tak odmietali aj znamenia kríža, obrazy, chrámy, bohoslužobné obrady atď. Ich hnutie malo laický charakter, pričom bogomilovia uprednostňovali uplatnenie jednotlivca. Cirkev považovali za zlú a skazenú od čias Konštantína Veľkého. Len oni sú tí, ktorí sú povolaní očistiť Kristovo učenie a vytvoriť pravú cirkev.

Bogomilovia mali jednoduché zhromaždenia s modlitbami a výkladmi Písma. Spoliehali sa na vlastné schopnosti kázať. Neskôr namiesto cirkevnej hierarchie vytvorili svoju organizáciu „dokonalých", ktorí žili v celibáte, nejedli mäso, maslo, syr a vajcia, nepili víno ani žiadne opojné nápoje. Radoví veriaci, vedení týmito „dokonalými", však nemuseli zachovávať prísnu askézu, mohli sa ženiť a konať aj vojenskú službu, hoci bogomilstvo bolo zásadne proti násiliu a hlásalo prikázanie lásky.

Bogomilovia pochádzali z nižších, ba priamo utláčaných sociálnych vrstiev, odmietali svetskú vrchnosť, svetské zákony, právo, súdy, prísahu, trest smrti, bohatstvo a bezprávie. Chceli dosiahnuť rovnosť a bratstvo. Napriek svojmu sociálnemu a ľudovému pôvodu však nezískali v bulharskom ľude väčšinu a očakávanú podporu. Naopak, postupne boli stále viac odmietaní, nenávidení a označovaní za bludárov narúšajúcich základy spoločenského poriadku. Snažili sa rozšíriť i do Byzantskej ríše a západného Bulharska, v Byzantskej ríši však boli prenasledovaní, podobne aj v Bulharsku. Viac sa im darilo v Bosne.

Svetská vrchnosť a oficiálna cirkev vystupovali proti bogomilom mocensky, ale i literárnou polemikou, z ktorej sa viac dozvedáme o ich živote a učení. Ich vlastná literárna tvorba však bola zničená. Spoľahlivým prameňom pre poznanie bogomilstva sú slovanské Besedy presbytera Kozmu (10. stor.), ktorý bol ich odporcom. Carihradský patriarcha Theofylaktos napísal na žiadosť cára Petra výklad ich učenia, aby ho vyvrátil. Pretože bogomilstvo ďalej pretrvalo, pokračovala aj polemika s ním. Tú viedol macedónsky biskup Ilarion.

V Srbsku proti bogomilom vystúpil Štefan Nemanja, zakladateľ srbského štátu. Bogomilstvo sem prenikalo z Bulharska a zakorenilo sa medzi ľudom aj šľachtou. No Nemanja musel najskôr potlačiť zvyšky pohanstva a riešiť cirkevnú orientáciu krajiny, pričom sám sa prikláňal k pravosláviu. Keď sa šľachta začala prikláňať k bogomilstvu, pripravená ho brániť aj zbraňou, bol nútený bogomilov z krajiny vytlačiť.

Bogomilstvo však úplne nezaniklo. Útočisko našlo v Bosne a odtiaľ sa šírilo i do Chorvátska, Uhorska a najmä severného Talianska a južného Francúzska. Práve tu pôsobenie bogomilov v 12. storočí vyvolalo mocné sektárske hnutie, ktoré zachvátilo široké ľudové vrstvy. Na dlhý čas potom zvádzalo boj s rímskou cirkvou. Bolo to hnutie katarov.