Substanciálny dualizmus bol tým znakom gnózy, ktorý najväčšmi odporoval biblickému učeniu. V rôznych gnostických špekuláciách boli popreté základné pravdy kresťanstva: o Bohu (gnóza stavala proti sebe Boha Starého a Nového zákona), o svete (svet nebol stvorený ako dobrý, ale je zlý už svojou podstatou), o určení človeka, jeho slobodnej vôli a mravnej zodpovednosti, o Kristovi (mal len zdanlivé telo, a tak nemohol trpieť na kríži) a o spasení (spásou je oslobodenie duše z pút telesnosti, nie vykúpenie v Kristovi).

Pre prvotnú Cirkev spočívalo nebezpečenstvo gnózy aj v tom, že pravá podstata gnosticizmu sa často skrývala pod vonkajším rúškom kresťanských pojmov. Je zrejmé, že hrozbu gnostických bludov si uvedomoval už apoštol Pavol. Svedčia o tom jeho obavy o kolosanský zbor: „Dajte pozor, aby vás niekto nezviedol filozofovaním a prázdnym klamom podľa ľudského podania, podľa živlov sveta, a nie podľa Krista" (Kol 2, 8). Sem možno zaradiť aj „bájky a nekonečné rodokmene", pred ktorými Pavol varuje Timotea (1 Tim 1, 4; 2 Tim 2, 23). Apoštol Ján mal zrejme na mysli doketizmus, keď napísal: „Každý duch, ktorý vyznáva, že Ježiš Kristus prišiel v tele, je z Boha" (1 Jn 4, 2n).

V 2. a 3. storočí na apoštolov nadviazali kresťanskí apologéti Justín mučeník, Tertulián, Irenej, Hypolit a ďalší. Jednou z ich hlavných úloh bolo rozpoznávať a vyvracať škodlivé gnostické náuky. Ich zásluhou bola kresťanská teológia opäť postavená na zjavení Božom v Kristovi, ktoré gnostici zavrhli. Rané kresťanstvo si úspešne poradilo v zápase s gnosticizmom, v 3. storočí sa však objavilo na scéne nové nebezpečenstvo - manicheizmus.

Jeho zakladateľom bol Peržan Mání (lat. Manes, alebo Manicheus). Žil v rokoch 216 - 276, pochádzal z Babylonu a písal pravdepodobne v aramejčine. Rozsiahla, no len fragmentárne zachovaná manichejská literatúra je zachytená v najrôznejších jazykoch, čo zodpovedá charakteru Máního života, ktorý sa na svojich cestách dostal až do Číny. Antický svet bol zasiahnutý manicheizmom v 3. a 4. storočí hlavne v Egypte, Sýrii a severnej Afrike, odkiaľ pochádzal cirkevný učiteľ Augustín, ktorý bol v mladosti deväť rokov pod jeho vplyvom. O Máního živote a činnosti kolovalo mnoho legiend, tak ako v prípade všetkých mágov a divotvorcov. Sám sa pokladal za dovŕšiteľa všetkých svetových náboženstiev: perzského zoroastrizmu, indického budhizmu, judaizmu i kresťanstva a vyhlasoval sa za nového Mesiáša, resp. dvojníka zasľúbeného Parakléta - Ducha Svätého.

V jeho komplikovanej náuke najvýraznejšie vystupuje iránsky dualizmus nezmieriteľného protikladu svetla a tmy, dobra a zla, ducha a tela. Podľa Máního môže byť ľudská duša vykúpená z moci zla a temnoty len prísnou askézou, odriekaním sa opojných nápojov, mäsa a pohlavného styku. Toho sú však schopní len vyvolení (electi), ktorým v tomto pomáhali poslucháči (auditores), čím po splnení určitých podmienok mohli aj oni dosiahnuť spásu. Ostatní ľudia boli odsúdení na zatratenie.

Máního sústava je ešte väčšmi ako v gnóze preniknutá mysticko-mytologickými špekuláciami, hoci na druhej strane je jednotnejším systémom ako gnosticizmus. Jeho úsilie vytvoriť takú zložitú sústavu, aby ju vyznávači najrôznejších náboženstiev mohli prijať za svoju, sa ukázala ako iluzórna. Máního učenie, podobne ako gnóza, viedlo na jednej strane k neprirodzenému odvráteniu sa od viditeľného sveta, na druhej strane zase k zvrhlému libertinizmu, čo ortodoxné kresťanstvo muselo odmietnuť. Manicheizmus sa na Západe v priebehu 5. a 6. storočia celkom vytratil, avšak na Východe (najmä v Turkestane a Číne) sa udržal oveľa dlhšie, až do svojho postupného zániku (13. stor.).