Vzťah slobodomurárstva a kresťanstva prešiel počas storočí rôznymi fázami. Odborník na sekty a nové náboženské hnutia M. Lojda uvádza, že v krajinách ako Veľká Británia, Švédsko, USA, Kanada, Austrália, v ktorých prevláda protestantské náboženstvo, majú slobodomurári silnejší vzťah ku kresťanstvu. V krajinách, kde je dominantné katolícke náboženstvo, sa slobodomurári vyznačovali protináboženskými postojmi, čo platilo vo Francúzsku, v Rakúsko-Uhorsku, Taliansku a inde. Súviselo to s politickými pomermi v týchto krajinách, kde vládli absolutistické režimy. Cirkev odmietla filozofické myšlienky a morálne chápanie slobodomurárov, ktoré nie sú v zhode s katolíckou náukou. Pápeži od 18. storočia zakazovali veriacim byť členmi slobodomurárskych organizácií. „Uvedomme si, že kresťanstvo a slobodomurárstvo sú nezmieriteľné, takže zapísať sa do jednej znamená oddeliť sa od druhej," napísal pápež Lev XIII. roku 1882. V Kódexe kánonického práva bolo ustanovenie o exkomunikácii všetkých členov slobodomurárskych lóží.

Isté zmiernenie v postoji voči slobodomurárstvu nastalo po Druhom vatikánskom koncile, keď došlo ku kontaktom Cirkvi s predstaviteľmi niektorých lóží. Viaceré z nich nemajú proticirkevný charakter, dokonca sú aj také, čo deklarovali priateľský postoj voči Cirkvi. Nové vydanie Kódexu kánonického práva preto už výslovne nespomínalo exkomunikáciu. V osemdesiatych rokoch však Kongregácia pre náuku viery, ktorá sa stará o výklad učenia Cirkvi, vo viacerých dokumentoch potvrdila, že kresťanom je naďalej zakázané vstupovať do slobodomurárskych lóží. „Trvá nezmenená negatívna mienka Cirkvi ohľadom slobodomurárskych spoločností, lebo ich princípy sú stále nezlučiteľné s učením Cirkvi, a preto zapísanie do nich je Cirkvou zakázané," uvádza sa v dokumente Kongregácie. Veriaci, ktorí tam vstúpili, „sú v stave ťažkého hriechu a nemôžu pristupovať k svätému prijímaniu".

„Kresťan by nemal vstupovať do zhromaždení, ktoré broja proti Cirkvi," povedal Mons. M. Gavenda, hovorca Konferencie biskupov Slovenska. Rozhodnúť o tom, či niektorá lóža je voči Cirkvi nepriateľská alebo nie, môže len Vatikán. „Do kompetencie miestnych cirkevných autorít nespadá vyjadrovať sa o povahe slobodomurárskych združení," uvádza sa v dokumente Kongregácie pre náuku viery. Zákaz vstúpiť do slobodomurárskych lóží platí zvlášť pre kňazov a rehoľníkov. „Kňazi by podľa učenia Cirkvi nemali byť členmi lóže," hovorí Gavenda.