V období raného stredoveku sa možno stretnúť aj s inou veľmi aktuálnou otázkou, ktorá nedala spať teológom jednotlivých období. Ide o otázku predurčenia. Pôvodcom tohto názoru je mních Gottschalk, ktorý sa veľmi intenzívne zaoberal štúdiom Augustínových diel. Bol synom saského grófa Berna. Ešte ako dieťa ho darovali benediktínskemu kláštoru vo Fulde. Pretože necítil vzťah k duchovnému povolaniu, opustil v roku 829 kláštor a popieral platnosť svojej nedobrovoľne prijatej tonzúry.

Opát Rabanus Maurus však s jeho názorom nesúhlasil a odvolávajúc sa na starobylý zvyk, nariadil mníchovi vrátiť sa do kláštora. Bol včlenený do kláštora Orbais v diecéze Soissons. Útechu hľadal v knihách sv. Augustína a nesprávne pochopiac niektoré názory, vytvoril mylnú náuku o Božom predurčení. Pochopil totiž predurčenie v prísnom zmysle slova ako večné a nemeniteľné Božie rozhodnutie. Učil, že ako Boh predurčil niektorých ľudí na večnú blaženosť, tak iných na večné zatratenie. Z nepredurčených nikto nemôže byť spasený, musia hrešiť a Kristus za nich netrpel. Aj keď, ako o tom svedčia jeho diela, najmä nedávno objavené De trina Deitate, je tu zo začiatku skôr veľa nedorozumenia, neskoršie jeho učenie malo silno heretickú podobu. Synoda v Mohuči v roku 848 pod vedením arcibiskupa Rabana Maura a následne synoda v Quierzy v roku 849 pod vedením Hinkmara z Remeša odsúdili Gottschalka ako heretika. Dokonca ho pozbavili kňazskej hodnosti, bol zbičovaný a uväznený v kláštore Hautvillers pri Remeši na doživotie a tu aj v roku 868 zomrel. Avšak aj po smrti sa jeho myšlienky šírili a boli predmetom mnohých francúzskych synôd, až nakoniec došlo k zmierňujúcej forme, ktorá zdôrazňovala univerzálnu, spásonosnú vôľu vykúpenia.

Takmer súčasne s týmto sporom prebiehal spor o Eucharistii. Mních Pascház Radbert, neskoršie opát v Korbie, vo svojom diele De corpore et sanquine Domini (831) predkladá náuku Cirkvi, avšak príliš zdôrazňoval totožnosť historického Krista a Ježiša Krista prítomného v Eucharistii. Preto z viacerých strán sa ozvali hlasy proti, najmä zo strany Rabana Maura, arcibiskupa z Mohuča, ktorý dokazoval, že Kristovo historické telo a telo eucharistické sú jedným a identickým, nie však v spôsobe prítomnosti. Panovník Karol Hollý povolal mnícha Ratramnusa z Corbie, aby sa zaangažoval do tohto sporu, ktorý vyjadril svoj názor v spise De corpore et sanquine Domini, kde ešte výraznejšie poukázal na tento rozdiel.

Veľký mysliteľ a jeho súčasník Ján Scotus Eurigena zas zdôrazňoval v eucharistickej náuke spirituálny symbolizmus. Kontroverzia o Eucharistii sa preniesla až do 11. storočia. Oživil ju tourský kanonik Berengár, ktorý sa bez hlbšieho teologického vzdelania prikláňal k vyššie uvedenému názoru Eurigena. Ten tvrdil, že pri konsekrácii sa nepremení chlieb na telo Kristovo, ale dostáva len nadprirodzený účinok. Týmto jeho chybným názorom sa zaoberali viaceré synody. Synoda v Ríme a vo Vercelli (v roku 1050 ho odsúdili) a snem v Paríži o rok neskoršie, jemu a jeho prívržencom pohrozil smrťou. Snem v Tours (v roku 1054) neskoršieho pápeža Gregora VII., vtedy pápežského legáta Hildebranda, sa však uspokojil s Bernegarovým vyhlásením, že chlieb a víno sú po konsekrácii Kristovým telom a krvou. Avšak po návrate zo synody to odvolal, a preto na Lateránskej synode v roku 1054 za pápeža Mikuláša II. bola táto otázka predmetom rokovania. Až v roku 1074 na pôstnej synode ho z iniciatívy pápeža Gregora VII. znovu predvolali do Ríma, kde podpísal ortodoxné vyznanie ohľadom Eucharistie. Zomrel v roku 1088 zmierený s Cirkvou. Jeho myšlienky sa však naďalej šírili, aj keď nie už veľmi intenzívne.

K uvedeným herézam tohto obdobia, zvlášť na prelome tisícročia, treba prirátať aj chiliazmus či milenarizmus, ktorý šíril hrôzu z blížiaceho sa vybájeného konca sveta.