Wiclefova sejba našla živnú pôdu v Čechách v podobe Majstra Jana Husa. Tento český kňaz (1370 - 1415) sa stal nápadný svojimi kázňami v Prahe. Nielenže kritizoval neporiadok v Cirkvi, ale dotkol sa pritom nosných stĺpov cirkevnej autority. Hlásal napríklad, že ak niekto žije v smrteľnom hriechu, nemôže iným vládnuť; takisto popieral platné oslobodenie od hriechov, vyslovené nehodným kňazom a pod. Predovšetkým pre svoje teologické názory (napr. cirkev predestinovaných, spochybnenie pápežského primátu, eschatologické vízie atď.) sa značne vzdialil od učenia Katolíckej cirkvi, hoci na jej pôde chcel zotrvať. Dnes sa možno presvedčiť (najmä porovnaním diel), že Hus svoju teológiu výrazne prebral od Wiclefa a prispôsobil ju aktuálnej situácii v Čechách.

Husa najskôr vylúčil z Cirkvi pražský arcibiskup a následne pisanský pápež Ján XXIII., ale aj napriek tomu pokračoval v kázaní a vyzýval k odporu proti pápežovi. Propagoval Wiclefove učenie spisom Defensio articulorum Wyclef. Spor sa vyostril, keď sa Hus postavil priamo proti krížovej výprave organizovanej roku 1412 Jánom XXIII. proti Gregorovi XII. Keď bol nad Prahou vyhlásený interdikt, opustil Prahu (1412) a uchýlil sa na Kozí Hrádek, kde roku 1413 napísal svoje hlavné dielo o Cirkvi - De Ecclesia. Cirkev sa v ňom predstavuje ako spoločenstvo predurčených. Hus zúžil pojem bojujúcej Cirkvi a vylúčil z nej hriešnikov. Doslovne učí: „Tak ako sú niektoré veci v ľudskom tele, ktoré nie sú jej časťami, ako slina, vred, moč, tak je to aj niečo v tajomnom tele Kristovom, ktoré je Cirkvou, a predsa to nepatrí do Cirkvi, lebo to nie je jej časťou; tak musí každý predurčený k zatrateniu byť nakoniec vytrhnutý z tohto tela ako niečo škodlivé. Teda je niečo iného byť z Cirkvi a niečo iného byť s Cirkvou."

O Husových názoroch mal rozhodnúť Kostnický koncil. Hus mal od cisára Žigmunda zaručenú bezpečnosť, hoci už predtým ho pápež Ján XXIII. exkomunikoval. Hoci väčšinu obžalôb (vyčítali mu 30 heretických viet z jeho spisov) odmietol ako krivé obvinenia a nedokázané z Písma, účastníci koncilu mu ponúkli zmierujúcu formulu, ktorú však odmietol. Tesnou väčšinou ho preto vyhlásili za vinného a ešte v ten istý deň odovzdali svetskej moci na popravu upálením. Zomrel presvedčený o svojej nevine, vzývajúc Kristovo meno.

Nesúhlas s rozsudkom v Kostnici podnietil 452 šľachticov Čiech, aby napísali protestný list na adresu koncilu. V Čechách a na Morave sa šľachta i mestá vzbúrili proti cirkevnej moci. Zavrhli všetko, čo nebolo zachytené v Biblii a inšpirovaní eschatologickou ilúziou a apokalypticko-chiliastickým očakávaním riešili revolučnou cestou sociálne rozdiely. Kde sa im podarilo získať moc, úplne narušili cirkevný a sociálny poriadok. Ich odpor sa prejavil v krviprelievaní tých, ktorí ostali na pôde Rímskej cirkvi, predovšetkým obyvateľov kláštorov. Husitské vojny zasiahli nielen územie Čiech, kde husiti vyplienili takmer všetky katolícke kostoly a kláštory (až 95 %), ale aj susedné územia vrátane Slovenska. Výboje prestali povestnou bitkou pri Lipanoch roku 1434. Po porážke boli husiti ochotní rokovať s Katolíckou cirkvou v Bazileji (1436) o štyroch pražských kompaktoch z roku 1420. Dohoda však netrvala dlho, lebo zo strany husitov neboli splnené jej požiadavky (podávanie pod obidvoma spôsobmi len dospelým, po primeranom vysvetlení...). Pápež Pius II., ktorý poznal situáciu v Čechách, preto výsady zrušil.

Na objasnenie tejto neľahkej situácie treba  pripomenúť, že pápež Ján Pavol II. v Prahe roku 1990 požiadal expertov, aby jasne definovali postavenie Majstra Jana Husa medzi cirkevnými reformátormi. Pri tejto príležitosti vyjadril názor, že „nezávisle od teologických presvedčení Husovi nemožno uprieť bezúhonnosť osobného života, ako aj úprimnú snahu o morálne pozdvihnutie národa." Majúc na zreteli tento pápežov výrok, terajší pražský arcibiskup kardinál Miloslav Vlk vytvoril roku 1993 medzinárodnú ekumenickú komisiu na analýzu rozporuplných udalostí týkajúcich sa Majstra Jana Husa. Lateránsky kongres zaoberajúci sa touto otázkou na sklonku roka 1999 v Ríme, sumarizujúc náročnú niekoľkoročnú prácu komisie, sa stal príležitosťou historicky a teologicky prehodnotiť pôsobenie Jana Husa. Hlavný organizátor kongresu Dr. František Holeček z Katolíckej teologickej fakulty Palackého Univerzity v Olomouci, jeden z najvýznamnejších expertov na túto otázku, povedal, že „lateránske stretnutie malo za úlohu identifikovať styčné body na vytvorenie mosta medzi kresťanskými denomináciami a nájsť prorocké prvky do tretieho tisícročia." Práca komisie i samo stretnutie v Lateráne za účasti najvyšších predstaviteľov ČR a Cirkvi v osobe samotného pápeža sa pokúsilo o zahojenie hlbokých historických rán.