Hľadanie pravého chápania a definovania jedinečnosti Ježiša Krista - Božieho Syna, ktorý sa stal človekom, aj pod vplyvom neprehľadného gnosticizmu viedlo k určitým ťažkostiam. Tajomstvo inkarnácie nebolo možné jednoducho predstaviť bez nebezpečenstva iného chápania či spochybnenia. Možno to vidieť aj v arianizme, kde sa podľa mnohých našiel bod kryštalizácie tohto problému. Zdá sa, že jeho myšlienková stavba zaistila primerané miesto pre jedinečnosť Boha i pre osobitosť Ježiša. Arius, známy kňaz z Alexandrie (asi 260 - 336) uznal „jediného Boha, ktorý sa jediný nestal, je jediný nesmrteľný, jediný múdry a jediný dobrý. Tento Boh splodil mimo času a pred všetkými stvoreniami syna, dokonalé stvorenie, nie však také, akým je jedno z ostatných stvorení, ale stvorenie nemenné a stále; jemu dal Otec všetko do dedičstva". Podľa Aria je však nelegitímne označiť Ježiša Krista za „Boha", ako to urobil napríklad neveriaci Tomáš vo svojom vyznaní: Pán môj a Boh môj! (Jn 20, 28). Kristus je Bohu len podobný (homoiós).

Ariov predstavený - biskup Alexander bol jeho prvým kritikom. Vyčítal Ariovi, že chápe Syna tak, že mu popiera podstatnú vlastnosť: „nie je pravdou a svojou povahou Otcovým logom, ani jeho pravou múdrosťou, ale je jedným zo stvorení a Logom či Múdrosťou ho nazývajú omylom. Aj pre Syna je Otec neviditeľný, teda Syn nemá úplné a presné znalosti o Otcovi, ani ho nedokáže úplne vidieť." Práve posledná poznámka naznačuje, prečo bol tento spor vedený tak vášnivo (aj keď tam zohrali svoju rolu i politické a osobné dôvody). Ak má Arius pravdu, potom sa Boh už medzi nami nezjavil, nestal sa človekom. Potom nejestvovalo skutočné zjavenie. Ak sa Boh nezjavil medzi nami v osobe Ježiša, nemohol byť Kristus ani stredom, na ktorého bolo upriamené všetko stvorenie a v ktorom sa uskutočnilo aj zmierenie medzi Bohom a človekom (Kol l, 13-20). Potom ani Eucharistia už neznamená mať účasť na jeho tele, a tým byť dieťaťom Božím. I keď skryto, svojím vysvetlením, že Ježiš je najvyšší zo všetkých stvorení, predsa však napadol Arius jadro kresťanskej viery, pretože i keď ide o najvyššieho zo všetkých stvorení, jeho odstup od Boha zostáva nekonečný.   Inkarnácia a spasenie sú týmto anulované. Takýto pohľad na Ježiša Krista znamenal pre kresťanov krok späť.

Rozhodnutie koncilu (r. 325): „Kristus sa zrodil z Otca pred všetkými vekmi, Boh z Boha, Svetlo zo Svetla, pravý Boh z pravého Boha, zrodený, nie stvorený, jednej podstaty (homoúsios) s Otcom" - ariánov síce zlomilo, ale nepresvedčilo. V nasledujúcich storočiach sa im podarilo získať sympatie nielen meleciánov (ktorí boli už dávnejšie odlúčení od alexandrijskej cirkevnej obce pre otázku pokánia), ale aj dosadiť do mnohých biskupských kresiel svojich stúpencov. Cirkevný učiteľ Hieronym smutne komentoval situáciu: „Kresťanský svet si pretrel oči a videl, že je ariánsky". Azda je vhodné pripomenúť, že pri šírení kresťanstva o. i. aj na našom území (prostredníctvom obchodných ciest či vojenských výprav) to bola práve táto forma kresťanstva, teda ariánska.

Osobitným úspechom ariánov bolo vyhnanie (až päťnásobné!) biskupa sv. Atanáza z Alexandrie (373), ktorý neúnavne bránil čistotu viery. (Vo vyhnanstve strávil spolu 21 rokov. Bol prenasledovaný predovšetkým ariánskou skupinou - eusebiánmi). Až obnovený koncil v Carihrade v roku 381, na ktorom ariánska strana po druhý raz utrpela porážku, definitívne ukončil jej vplyv, zvlášť, keď sa teologická diskusia medzitým preniesla na iné pole.

Druhý všeobecný koncil zvolaný byzantským cisárom Teodóziom (379 - 395) do Carihradu definoval božstvo tretej Božskej osoby: „(Verím) v Ducha Svätého, Pána a darcu života, ktorý vychádza z Otca, jemu sa zároveň vzdáva tá istá poklona a sláva ako Otcovi a Synovi. On hovoril ústami prorokov."

Veľkú zásluhu na obrane božskosti Ducha Svätého mali traja veľkí svätí kapadockí bratia: Bazil Veľký († 379), Gregor Naziánsky († 390), Gregor Nysenský († 394), prívrženci alexandrijskej školy. (Veľmi pozitívne zasiahli aj do kristologického sporu o prirodzenostiach; majú zásluhu, spolu s Atanázom, na vypracovaní teologických pojmov.)

Definícia Ducha Svätého bola pripojená k nicejskému vyznaniu, ktoré od 6. storočia na Východe vstúpilo do liturgie ako Carihradsko-nicejské vyznanie viery. V Ríme až v roku 1014. Postupne vznikala rozdielnosť názorov: na Východe rozumeli pôvod Ducha Svätého tak, že vychádza „z Otca skrze Syna"; na Západe zase: „z Otca a Syna". Keď Cirkev na Západe pripojila výraz Filioque (a Syna), nechápalo sa to na Východe ako rozšírenie, ale ako interpretácia, čo viedlo k podozreniu z herézy. Spor Filioque sa pokladá za formálnu príčinu schizmy v roku 1054, hoci samotná príčina bola oveľa vážnejšia.

Nicejský koncil síce celkom jasne vyslovil bytostnú rovnosť Krista s Otcom, nechal však otvorenú otázku, ako sa môže Ježiš Kristus chápať ako Boh a zároveň ako človek, čím sa rozpútali spory o tomto probléme. Samozrejme tu nešlo iba o preteky v myslení - v pozadí stála aj rivalita medzi slávnymi teologickými školami v Alexandrii a v Antiochii a čoskoro i konkurencia medzi alexandrijským a carihradským patriarchátom (alexandrijskí teológovia kládli väčší dôraz na božskú prirodzenosť Ježiša Krista, antiochijskí na ľudskú). K spojeniu božskej prirodzenosti s ľudskou v Kristovi použil Cyril (od roku 412 alexandrijský patriarcha) obraz o kuse uhlia alebo dreva, ktoré sa chytí v plameni a samo sa stáva ohňom. Podľa toho sa hovorí „o jednej prirodzenosti Večného Slova, ktoré sa stáva telom". Podľa názoru antiochijského smeru však Logos oproti tomu prebýva v človeku „ako v chráme". Prvý obraz išiel do krajnosti ohľadom nezávislosti ľudskej prirodzenosti v Kristovi, druhý postavil obe prirodzenosti vedľa seba bez vnútorného vzťahu.

Nestorius (od roku 428 bol carihradským patriarchom), ktorý sa prikláňal vo vysvetľovaní tohto problému k antiochijskej škole, odmietol označiť Máriu Theotokos (Bohorodička), označil ju iba Christotokos, lebo „priviedla na svet iba Ježiša - človeka, v ktorom prebýval Boh: Boh predsa nie je dvoj- alebo trojmesačné dieťa". Sporné otázky mal vyriešiť koncil. Cisár Teodózius pozval biskupov do Efezu. Hoci Antiochijci - Nestoriovi stúpenci - ešte neprišli, Cyril z Alexandrie, zároveň pápežov zástupca, napriek protestu zo strany zástupcu cisára 22. júna 431 otvoril koncil. Okamžite presadil odsúdenie Nestoria, čo bolo schválené prítomnými 198 biskupmi. O niekoľko dní prišlo aj 43 antiochijských biskupov. Zorganizovali protizasadnutie a zo svojej strany vylúčili Cyrila a biskupa Memnona z Efezu z cirkvi. Obe strany žiadali od cisára potvrdenie svojho rozhodnutia. Tento však vyhlásil doterajšie uznesenia za neplatné a rozkázal, aby sa pokračovalo v rozhovoroch. V ďalšom priebehu vyhlásila väčšina koncilu závery antiochijských za neplatné a ich patriarcha Ján a jeho stúpenci boli exkomunikovaní. Okrem toho sa odhlasovalo 6 tvrdení (Canones) proti Nestoriovmu učeniu a schválilo sa označenie Márie - Theotokos. Ťažké bolo znovu získať od cisára súhlas. Na tlak oboch strán schválil najprv zosadenie Nestoria, ako aj Cyrila. Po vypočutí ďalších správ sa Teodózius napokon priklonil na stranu Cyrila. Nestorius sa odmlčal v kláštore pri Antiochii, neskôr bol odsúdený do vyhnanstva v hornom Egypte. Zomrel tam v roku 451. Dodnes nie je jasné, či si jeho názory zaslúžili prívlastok „heretické", alebo iba dávali príležitosť na nedorozumenia.

Aj po Cyrilovej smrti (r. 444) spor pokračoval ďalej. Bol nevyhnutný nový koncil. Otázka sa riešila na sneme v roku 449 v Efeze, ktorý však vošiel do histórie pre nezhody ako „lupičská synoda" (latrocinium ephesinum). Biskupi preto žiadali zvolanie novej synody. Cisár Teodózius, o ktorého sa latrocínium opieralo, zomrel a zásluhou zbožnej cisárovnej Pulchérie a jej manžela Marciána bol zvolaný snem, ku ktorému dal súhlas aj pápež Lev Veľký. Koncil sa zišiel v roku 451 v Chalcedóne na maloázijskom pobreží oproti Carihradu. Legáti rímskeho biskupa (2 biskupi a 2 kňazi) viedli zhromaždenie. List Leva Veľkého Epistola dogmatica ad Flavianum o dvoch prirodzenostiach v Kristovej osobe sa stretol so súhlasom a stal sa základom pre neskorší výklad koncilu. Konciloví otcovia prijali list s nadšením: „Tak veríme všetci, tak verili Otcovia a apoštoli; ústami Leva prehovoril Peter".

Koncil odmietol monofyzitizmus (učenie o jednej prirodzenosti, ktoré zastávali alexandrijskí), ako aj teóriu o dvoch oddelených prirodzenostiach (podľa Nestoria): „Treba vyznávať jedného a toho istého Syna, nášho Pána Ježiša Krista, toho istého dokonalého v božstve a toho istého dokonalého v človečenstve; opravdivého Boha a opravdivého človeka, ktorý jestvuje v dvoch prirodzenostiach nezmiešane, nezameniteľne, nerozdelene a nerozlučiteľne. Takže vôbec neprestala rozdielnosť prirodzeností pre spojenie." Týmto spôsobom Lev I. na základe západného teologického smerovania, pochádzajúceho už od Tertuliána, vyhlásil jednotu osoby - hypostatickú úniu. Výroky o Kristovej osobe sú zároveň základom náuky o vykúpení a majú preto ústrednú dôležitosť pre kresťanskú vieru.

Aj keď bol monofyzitizmus v Chalcedóne odsúdený, udržal sa v Palestíne, v Egypte a v Sýrii. Uzurpátor Baziliskos, ktorý bol monofyzitisticky zameraný, zaručil v roku 475 monofyzitom oficiálnu toleranciu. Cisár Zenón v roku 476 vyhlásil sprostredkujúcu formuláciu, ktorá sa neskôr nazývala Henotikon (r. 482). Keďže pápež Félix III. (483 - 492) s formuláciou nesúhlasil, ale carihradský patriarcha Akacius sa pridal na stranu cisára, pápež na patriarchu uvalil kliatbu, čo malo za následok tzv. akaciánsku schizmu medzi Východom a Západom, ktorá trvala 35 rokov (484 - 519). Pretože okolo roku 490 východné patriarcháty (jeruzalemský, antiochijský a alexandrijský) boli obsadené monofyzitmi, bludné učenie sa mohlo šíriť. Misijná činnosť monofyzitov sa prejavila aj v Etiópii a Arménsku (jakobiti, kopti a ďalší).

Keďže cisár Justinián (527 - 565) chcel vyjsť v ústrety monofyzitom a obnoviť ohrozenú jednotu ríše, odsúdil troch teológov antiochijskej školy. Boli to Teodor z Mopsvestie († 428), Teodor z Cyru († okolo 458) a Ibas z Edesy ( 420). To bol počiatok tzv. sporu o tri kapitoly, ktorý sa riešil dlhší čas. Išlo v ňom o odmietnutie alebo prijatie cisárovho zásahu. Na stranu cisára sa pridal aj pápež Vigílius (537 - 555), avšak pri zachovaní chalcedónskeho vyznania viery. Keďže na Západe súhlas pápeža vyvolal búrlivý protest, Vigílius musel čoskoro svoj súhlas odvolať. Za svoj postoj ho cisárski vojaci v kostole stýrali. Vigílius preto odmietol účasť na koncile, ktorý cisár zvolal ako piaty všeobecný koncil v Carihrade v roku 553. Poslúžil cisárovi na to, aby presadil plánované odsúdenie Troch kapitol. Pápež nesúhlasil so zásahom cisára do najvyššej cirkevnej právomoci. Justinián ho dal koncilom exkomunikovať (!). Hrozbou vyhnanstva sa cisárovi podarilo vybojovať dostatočný súhlas pápeža s uznesením koncilu. Nešlo však o dogmatické rozhodnutie. Koncil nakoniec dostal aj všeobecné uznanie na Západe. Predchádzajúcimi udalosťami však vážnosť pápežstva v Cirkvi klesla.

Spor sa však neukončil. Carihradský patriarcha Sergej (610 - 638) učil, že v Ježišovi Kristovi sú síce dve prirodzenosti, ale iba jedna vôľa, a to božská (monoteletizmus) a jediná božská činnosť. Získal si na svoju stranu cisára Heraklia (610 - 641), ktorý videl v jeho učení veľmi vhodný spôsob, ako si získať monofyzitov, aby tak dosiahol vo svojej ríši potrebnú jednotu v boji proti Peržanom a neskôr proti Arabom. Obhajcom učenia o dvoch vôľach a o dvoch činnostiach v Kristovi bol učený palestínsky mních sv. Sofrónius (od r. 634 jeruzalemský patriarcha).

Sergejovi sa podarilo svoju tézu podať tak, že ju pápež Honórius (625 - 638), na ktorého sa obrátil, pokladal za prijateľnú. Honórius bol málo zbehlý v gréckej teológii a pri posudzovaní tézy mal zrejme na mysli morálnu zhodu božskej a ľudskej vôle v Kristovi, nie však jednotu prirodzenosti. Učenie Sergeja bolo v roku 638 všeobecne schválené ríšskym zákonom. Pápež sv. Martin I. (649 - 653) sa postavil na lateránskej synode proti takémuto nariadeniu a odmietol ho ako heretický omyl. Za svoju horlivosť o čistotu viery bol mučený a poslaný do vyhnanstva na Krym, kde zomrel. Na Východe sa obeťou pravovernej náuky stal sv. Maxim Vyznávač, ktorý po mučení v Carihrade (vyrezali mu jazyk a odťali pravú ruku) bol odsúdený do vyhnanstva, kde v roku 653 zomrel.

Cisár Konštantín IV. (668 - 685) zaujal k sporu celkom iný postoj a zvolal 6. všeobecný (3. carihradský) koncil (680 - 681). Výsledkom bolo odsúdenie monoteletizmu aj s jeho pôvodcami a prívržencami. Medzi nimi bol aj pápež Honórius, pretože „bol Sergejovi vo všetkom po vôli a potvrdil jeho bezbožné učenie".

Pápež Lev II. (682 - 683) schválil uznesenie koncilu a súhlasil s odsúdením Honória, ktorý „apoštolskú Cirkev (Rím) neosvietil apoštolskou učiteľskou tradíciou, ale v hanebnej zrade dovolí, aby bola jej čistá viera poškvrnená". Krátko nato ho však neobviňoval z priamej účasti na heréze, ale mu vytýkal, že „plameň heretickej náuky neudusil hneď v zárodku, ako prináležalo jeho apoštolskej autorite, ale že ju svojou nedbalosťou podporoval".

Na Západe, na rozdiel od Východu, sa v tomto čase riešili otázky praktického významu: sloboda ľudskej vôle a hriech, prvotný stav milostí a dedičný hriech, pôsobenie milostí pri ospravedlnení atď. Podnet k riešeniu týchto závažných soteriologických otázok dalo heretické hnutie - donatizmus a pelagianizmus.

So vznikom donatizmu súvisí vznik opozície voči biskupovi Mensuriovi v Kartágu. Biskup počas Diokleciánovho prenasledovania zavrhoval vyzývavú túžbu po mučeníctve. Vydal tiež pri prenasledovaní heretické knihy namiesto posvätných. Po jeho smrti (r. 311) sa stal biskupom v Kartágu diakon Cecilián. Vysvätený bol biskupom Félixom z Aptungy, ktorého pokladali za traditora. Opozícia napadla platnosť vysviacky a zvolila za protibiskupa kňaza Majorína a po jeho smrti (r. 315) Donáta, podľa ktorého je hnutie pomenované. Donatisti si získali veľký počet prívržencov v afrických cirkevných obciach (mali okolo 270 biskupstiev). Kládli veľký dôraz na mravnú úroveň členov, predovšetkým kléru. Podľa nich platnosť sviatosti závisela od svätosti vysluhovateľa. Synody v Ríme (r. 313) a v Arles o rok neskoršie vyhlásili, že vysviacka udelená traditorom je platná. Donatisti sa nato odlúčili od cirkevného spoločenstva. Začali sa pokladať za cirkev mučeníkov, kým druhú stranu pokladali za cirkev traditorov. Napätia zo strany donatistov často vyústili do otvorených zrážok, pri ktorých prišlo o život viacero katolíckych duchovných. Aj keď proti donatistom zasiahol cisár Konštantín a Nicejský snem ich odsúdil, udržali sa v Afrike vyše sto rokov. Veľkú snahu o získanie donatistov do Cirkvi vyvíjal sv. Augustín aj za cenu jeho odstúpenia z biskupského stolca. Všetky pokusy však narážali na úplnú neochotu druhej strany. Teologická polemika vyvrcholila na spoločnej synode v Kartágu v roku 411, na ktorej sa zúčastnilo 286 katolíckych a 279 donatistických biskupov. Prívrženci Donáta však boli neústupní, hoci Augustín a katolícki biskupi išli v ústrety do krajnosti pri riešení polemických otázok.

Pôvodcom nového bludného učenia, ktoré sa objavilo na scéne dejín začiatkom 5. storočia, je britský mních Pelagius, vzdelaný muž prísnych mravov. Asi do roku 410 žil v Ríme, potom odišiel do severnej Afriky. Vo svojom učení, veľmi zdôrazňujúc silu ľudskej vôle, odmietal milosť. Človek ju nepotrebuje na to, aby robil dobro. Každý môže vlastnými schopnosťami žiť tak, aby dosiahol spásu. Podľa Pelagia Adam uškodil svojim potomkom iba tým, že im dal zlý príklad. Tým samozrejme zavrhol vykupiteľské dielo Ježiša Krista, ktorý svojím vykúpením dal ľudstvu iba pozitívny príklad. Aj proti pelagianizmu, podobne ako v prvom prípade, vystúpil Augustín. Bludné učenie bolo odsúdené na Efezskom koncile v roku 431.

Okrem donatizmu a pelagianizmu na Západe vzniklo v súvislosti s nimi, alebo samostatne, množstvo pochybných hnutí. Napríklad v polovici 3. storočia vystúpil v Ríme Novacián (protipápež r. 251 - 258) so svojimi stúpencami katharoi (čistí), ktorí obviňovali Cirkev z laxnosti a nesvätosti. Len oni sa pokladali za spoločenstvo, ktoré vyznáva pravé kresťanstvo, vylučujúc popritom ostatných.

Koncom 4. storočia v Španielsku vyvolal bohatý a vzdelaný laik Priscilián extrémne asketické hnutie (negovalo stvorenie sveta ako Božie dielo, zmŕtvychvstanie, odmietalo manželstvo, požívanie mäsa atď.). Učenie sa veľmi rozšírilo a prinieslo veľa pohoršenia. V istom bode sa priblížilo k dualistickému gnosticizmu. Synoda v Zaragoze v roku 380 exkomunikovala príslušníkov tejto sekty. Cisár Maximus odsúdil následne v Trevíre v roku 385 Prisciliána a jeho šesť spoločníkov zo „zločinnej mágie" (je to prvý prípad odsúdenia na smrť za herézu). Mnohé významné osobnosti - biskupi tohto obdobia (Martin z Tours, Ambróz z Milána, aj pápež Siricius) protestovali proti tejto forme potrestania. Sekta sa rozšírila postupne v celej Galícii. V 6. storočí heréza zanikla.

V tomto čase (o. r. 350) sa objavuje v Mezopotámii, v Sýrii a následne v Malej Ázii mníšska a fanatická sekta mesaliánov (masiliánov). Hlásala, že účinným prostriedkom, ako premôcť diabla, ktorý sa rodí v každom človeku (ktorého nepremáha ani krst) je neprestajná modlitba, ktorú nariaďovalo. Toto blúznivé náboženské hnutie zavrhovalo krst, ako aj ďalšie sviatosti s odôvodnením, že pneumatický človek je bez hriechu a vidí Boha priamo. Učenie tiež zavrhovalo manuálnu prácu a vlastníctvo. Členovia hnutia sa živili žobraním. (Ide o istý druh neskoršieho kvietizmu.) Učenie bolo odsúdené na synodách v Side a Antiochii a následne na ekumenickom koncile v roku 431 v Efeze. Napriek tomu v rôznych formách prežili v skupinách pauliciánov a bogomilov až do čias stredoveku.

Teologická polemika proti herézam a spôsob riešenia tohto neľahkého problému, ktorý zasahoval nielen oblasť vieroučnú a mravoučnú, ale mal dosah na každodenný život človeka tohto obdobia, prinieslo cenné víťazstvo Cirkvi nad náboženským subjektivizmom. Kristova Cirkev opäť prejavila nielen svoju univerzálnosť, ale aj životaschopnosť.