V stredovekej cirkvi sa čoraz častejšie stávalo, že kňazi počtom ani kvalitami nedokázali zvládať nové úlohy. Ich svetácky spôsob života bil do očí, pričom ho nevyvážil ani príklad zbožných rehoľníkov v kláštoroch, a tak najhorlivejší z nich sa nezriedka dostali pod vplyv šíriteľov proticirkevného sektárstva. Medzi vyšším a nižším kňazstvom sa zväčšovali sociálne rozdiely. Bohatí preláti žili v blahobyte, no chudobní kňazi si len s ťažkosťami zabezpečovali živobytie. Autoritou cirkvi otriasol i neúspech druhej križiackej výpravy do Svätej zeme v roku 1147, čím sa ešte väčšmi uvoľnil priestor pre sektárstvo.

Keďže sa ľud desil kacírstva a kacírov, cirkev mohla počítať so všeobecným súhlasom, keď proti nim zakročovala aj nátlakovými prostriedkami cirkevnej disciplíny, teda väzením v kláštoroch a núteným pokáním. Čoskoro sa ľudia dokonca začali domáhať fyzického odstraňovania kacírov, pretože ich považovali za rúhačov a upaľovali ich. Cirkev sa snažila zabraňovať takémuto hrubému horleniu za čistotu viery, po čase však tomuto trendu podľahla a smrť upálením schvaľovala.

Niektorí sektári sa dovolávali východného pôvodu svojho učenia. Pravda je, že v západnej cirkvi sa ešte kde-tu udržali zvyšky manicheizmu z čias sv. Augustína. Tak možno vysvetliť vznik niektorých kacírskych skupín v 11. storočí. Novú vlnu sektárstva napomohol aj útek prenasledovaných bogomilov z Byzancie do Talianska a Francúzska. Ich pôsobením vzniklo v 12. storočí sektárske hnutie, ktoré netvorili len nejaké skupinky, ale stalo sa masovým javom. Bolo to hnutie katarov, ktoré začalo zápas s rímskou cirkvou.

Označenie katari (gr. katharoi - čistí) zrejme súvisí s manicheizmom, preto ich nazývali i novomanichejci. V Taliansku sa meno katharoi pretvorilo na gazari, v Nemecku na Ketzer (odtiaľ slovenské kacír). Pomenovania katarov boli odvodené aj od zamestnania ich vodcov. Tí napodobňovali najmä apoštola Pavla, ktorý ovládal tkáčske remeslo. Preto katarov nazývali aj tisserands - tkáči. Ďalšie mená dostávali podľa svojich stredísk.

Učenie katarov spočívalo v obnove starého manicheizmu, ktorý mal prívržencov v Arménsku. Tí sa volali pauliciáni. Byzantskí cisári potlačili manicheizmus a pauliciánov presídlili do Trákie. Katari hlásali dualizmus, ktorý uplatňovali dvojakým spôsobom. Zástancovia prísneho dualizmu tvrdili, že dobrý boh je stvoriteľom duchovného sveta, a zlý boh je pôvodcom materiálneho sveta. Satan spôsobil zmiešanie týchto poriadkov. Svätý Michal a Ježiš Kristus premohli démona a obnovili pôvodný poriadok. Stúpenci miernejšieho dualizmu uznávali len jediného Boha. Pôvodný poriadok daný Bohom narušil satan. Démon zviedol anjelov a zaklial ich vo forme duší do ľudských bytostí. Osloboditeľom duší z hmotného tela sa stal Kristus, ktorý však nie je Božím Synom, ale anjelom. Len zdanlivo sa narodil z Márie a žil v ľudskom tele. A len zdanlivo trpel a zomrel na kríži. Katari tak prevzali starý gnostický doketizmus popierajúci reálnu telesnosť Krista.

Aj keď bolo učenie katarov premiešané s kresťanskými prvkami, zásadne sa od kresťanstva líšilo tým, že bolo dualistické. Katari učili, že proti sebe stoja a bojujú ríša svetla a ríša tmy. Teda ríša božia a ríša satana. Tiež ríša pravdy a dobra a ríša lži a zla. Niektorí katari chápali rozdiel medzi svetlom a tmou ako od vekov daný, iní videli pôvod tmy v odpadnutí od svetla. Všetci však ponímali matériu ako súčasť tmy a telo ako väzenie duše.