Počas reformácie vznikli dva druhy evanjelických cirkví: luteránske cirkvi augsburského vyznania a reformované (kalvínske) cirkvi helvétskeho vyznania. Obidve vychádzali zo spoločného základu: z Písma svätého a z evanjelia Ježiša Krista. Evanjelické cirkvi na luteránskej pôde (v Nemecku a severských krajinách) následne prešli obdobím konfesionalizmu a ortodoxie, ktoré trvalo asi do roku 1700. V období ortodoxie (17. stor.) sa zdôrazňovalo čisté učenie podľa Božieho slova. Hlavný dôraz sa kládol na Pavlovo poznanie, že ospravedlnenie je dielom milostivého Boha, ktorý poslal svojho Syna Ježiša Krista, aby spasil svet. Týmto dôrazom na biblickú jasnosť a presnosť učenia sa evanjelické cirkvi snažili vytvárať hrádzu proti vzniku siekt.

Sekty však nielen vznikali, ale sa aj šírili. Vo všeobecnosti možno povedať, že vo vtedajších časoch boli výstrednými náboženskými skupinami rôznorodého charakteru. Väčšmi než na Božie slovo, jeho prikázania a zasľúbenia kládli dôraz na vnútorné osvietenie a z Biblie si vyberali len to, čo ich práve zaujalo. Mnohé z nich mali ešte stredoveký pôvod, no objavovali sa aj celkom nové. To, čo mali spoločné, bol radikalizmus a opozícia voči katolíckej cirkvi a protestantskej ortodoxii. Radikalizmom boli poznačené náboženské, filozofické a sociálne predstavy siekt. Často išlo o zmes nejasnej mystiky, panteizmu, chiliastického blúznenia a utopistických sociálnych vízií.

Predstaviteľom špekulatívnej mystiky bol Sebastian Franck (1499 - 1542), pôvodne katolícky kňaz, ktorý sa rozišiel s rímskou cirkvou i s Lutherom. V roku 1528 sa vzdal úradu a živil sa ako potulný kazateľ a ľudový spisovateľ v Norimbergu, Ulme a Bazileji. Boha chápal v zmysle panteizmu. Rozvíjal aj spiritualizmus, v rámci ktorého sa zaoberal Duchom Svätým prejavujúcim sa v človeku ako vnútorné svetlo. Podobného zamerania bol Gašpar Schwenkfeld (1489 - 1561), ktorý pochádzal zo sliezskeho šľachtického rodu. Spočiatku bol prívržencom Luthera, no odvrátil sa od neho, prešiel ku kalvínskemu smeru a nakoniec zakotvil v mystike. Táto bola menej panteistická ako u Francka, ale zato blúznivejšia. Schwenkfeld neuznával Božie slovo ani sviatosti. Večera Pánova bola podľa neho len symbolom zjednotenia ľudského ducha s Pánom. Vytváral malé náboženské skupiny, tzv. conventiculy, kde sa pestovala mystická zbožnosť. Ich pôsobnosť neprestala ani po jeho smrti. V Sliezsku a Nemecku sa udržali do konca 18. storočia.

Okrem schwenkfeldiánov boli rozšírené aj skupiny antitrinitárov, resp. unitárov, ktorí odmietali učenie o Svätej Trojici. Patril medzi nich i španielsky učenec Miguel Servet. Ako lekár objavil krvný obeh a spojenie žilového a tepnového systému. Bol zbožný, jeho snahou bola obnova pravého kresťanstva (o čom svedčí i jeho dielo Christianismi restitutio), ktorú si predstavoval bez trojičného učenia, ktoré mu vraj odporuje. V teologických dišputách popieral dogmu o trojjedinosti Božej bytosti a napísal spis De trinitatis erroribus (O omyloch trojjedinosti, 1531), čím si znepriatelil cirkevné kruhy a bol prenasledovaný. Cestou do Talianska ho v Ženeve chytili, obvinili z kacírstva a s Kalvínovým súhlasom 27. 10. 1553 upálili. Jeho poprava, tak ako Husova, Savonarolova, Brunova a ďalších, je smutným dokladom toho, ako dlho boli cirkevní predstavitelia minulosti v zajatí predstavy, že na obranu správneho učenia je legitímne použiť i najkrutejšie násilie.