V Rusku postupne vznikali početné sekty, ktoré vzhľadom na ich charakter možno rozdeliť na extatické, spiritualistické a apokalyptické. Extatické sekty sa objavili v Rusku pod vplyvom bogomilov, ktorí sa šírili v Európe už od 10. storočia. V Rusku to boli Božie deti alebo duchovní kresťania. Ich protivníci ich volali chlysty, čo v ruskom jazyku súvisí so slovom Kristov. Začiatky ich pôsobenia sa datujú od 17. storočia. Dôraz kládli na svoje zjavenie, ktoré im nahrádzalo Písmo. Za zakladateľa pokladali vojaka Danila Filipoviča, mužíka Ivana Suslova vyhlásili za Krista a sedliačku Akulinu Ivanovnu za Božiu matku. Ich jedinou dogmou bolo učenie, že Boh sa stal človekom. Pán Boh, Ježiš, Mária, apoštolovia a proroci prijímali podľa nich vždy novú podobu. Hlásali, že sebazdokonaľovaním sa človek môže stať bohom. Sväté písmo vysvetľovali alegoricky. Hnutie Božích detí roku 1905 reorganizoval Vasilij Lubkov. Od neho pochádza tzv. Krátky katechizmus. Všetko nadprirodzené odmietali. Kríž, cirkev a sviatosti uznávali len ako symboly.

Zvláštnou extatickou skupinou boli skopci (sebatrýzniaci až sebazmrzačujúci). Sami sa kastrovali s cieľom dosiahnuť úplnú mravnú čistotu. Ich zakladateľom bol Kondratij Selvanov. Verili, že až dosiahnu počet 144-tisíc, nastúpi tisícročné Kristovo kráľovstvo. Pred prvou svetovou vojnou ich bolo okolo 100-tisíc. Centrum mali v dedine Čerkisovo pri Moskve. Tá bola neskôr v období boľševického režimu v roku 1930 zlikvidovaná.

Spiritualistický charakter mali tzv. molokane. Pomenovanie dostali podľa toho, že v čase pôstu pili mlieko (rus. moloko). Otvorenou zostáva otázka ich ovplyvnenia kvakermi v 18. storočí. Žili v uzavretých skupinách v okolí Saratova a Astrachanu. Každý z členov mohol slobodne kázať. Požadovali prísnu askézu. Spoločnosti a svetskej kultúry sa stránili. Mali zakázané navštevovať divadlá a kiná. Známymi sa stali prísnymi etickými zásadami. Podobní boli i duchoborci zdôrazňujúci vnútorné svetlo, ktoré praví kresťania nosia v srdciach. Vyznačovali sa rigoróznou morálkou, odmietali vojenskú prísahu a službu. Ich vodcom bol Savelij Kasputin. Roku 1898 sa vysťahovali do Kanady. Náboženskými a mravnými princípmi pripomínali kvakerov.

Medzi apokalyptické sekty patrili jenochovci. Sekta sa koncom 19. a na začiatku 20. storočia rozšírila hlavne medzi mužíkmi na Volge. Verili v zvláštne zjavenie, na základe ktorého očakávali v roku 1900 koniec sveta. Ich hlavou bol sedliak Čerkasov, ktorý musel odísť do vyhnanstva. Ich nástupníkmi boli šaškovci, ktorí podľa 12. kapitoly Knihy proroka Daniela očakávali pravého cára Michala. Boľševický režim ich roku 1924 rozpustil. Ďalej to boli fjodorovci, ktorých založil Fjodor Rybalkin. Ich ľudový názov bol krestonosci (križiaci). Roku 1930 ich násilne odstránili. Známym sa stalo aj hnutie štundizmu, ktoré bolo pietistickým prúdom podobným západnému prebudeneckému hnutiu. Rozšírilo sa na Ukrajine pod vplyvom nemeckého farára J. Bonekämpera, ktorý tam v druhej polovici 19. storočia pôsobil.

Všetky spomenuté sekty, ktoré sa v Rusku postupne objavovali v priebehu 16. až 19. storočia, však nenarušili duchovnú a vieroučnú jednotu Ruskej pravoslávnej cirkvi. Jej významným predstaviteľom bol filozof Vladimír Solovjov, ktorý sa zaoberal hľadaním jednoty kresťanských cirkví, čím sa stal priekopníkom ekumenizmu už v 19. storočí.