Štúdium pramenného materiálu bogomilov odhaľuje, že toto duchovné hnutie malo viac teologických línií, čiže samo bolo vnútorne nejednotné vo veci teologickej náuky. Túto rôznorodosť teologických názorov je potrebné brať do úvahy pri štúdiu bogomilského hnutia.

Významný byzantský mních a filozof Michael Psellos (1018 - asi 1080) vo svojom diele píše o bogomiloch žijúcich v Trácii, ktorí vraj uctievali Satanaela. Byzantský teológ Euthymius Zigabenus († asi 1118) nás presviedča, že to nie je len akýsi Psellosov výmysel, ktorým by chcel jednoducho zdiskreditovať bogomilskú heterodoxnú náuku. Zigabenus sa totiž odvoláva na osobné rozhovory s bogomilským teológom Bazilom. Ten učil svojich žiakov, že je potrebné uctievať démonov; nie však preto, aby nám pomáhali, ale naopak, aby nám neškodili. Majú totiž na tomto svete veľkú moc. V duchu tejto teórie bogomili vykladali aj výrok z evanjelia: „Pokonaj sa rýchlo so svojím protivníkom, kým si s ním na ceste. Inak ťa tvoj protivník odovzdá sudcovi, sudca strážnikovi a uvrhnú ťa do väzenia." (Mt 5, 25) Bogomili to chápali tak, že počas pozemského života je človeku potrebné žiť v pokoji so Satanaelom a s jeho démonmi, aby mu nespôsobovali škodu. Zigabanos správne uvádza, že sa v tomto bode svojho teologického učenia bogomili inšpirovali starším učením mesaliánov. Stúpenci tejto sekty už v 4. storočí zastávali podobné názory. Podľa svedectva Epifania zo Salaminy (asi 315 - 403) mesaliáni tvrdili, že Satan má v tomto svete veľkú moc. Preto je potrebné uctievať ho, aby „uspokojený touto úctou prestal škodiť". Epifanius pravdepodobne opísal náuku akéhosi extrémneho prúdu mesaliánov, ale jeho svedectvo je nespochybniteľným dôkazom, že učenie bogomilov o veľkej moci Satana na zemi bolo inšpirované mesaliánskou teológiou. Je to o to vierohodnejšie, že celkovo sa bogomilská náuka o úlohe zlých duchov v živote človeka zhoduje s učením mesaliánov. Korešponduje to aj so Psellosovým svedectvom o tráckych bogomiloch, ktorých dokonca stotožňuje s mesaliánmi.

Ako sme už spomínali v predošlom príspevku, najcharakteristickejším prvkom bogomilskej teológie a celého ich učenia je nepochybne náuka o dvoch Božích synoch. Podľa ich konceptu prvorodeným Božím synom bol Satanael. Táto náuka sa v skorších sektách nevyskytovala; aspoň nemáme o tom nijaké doložené svedectvo. Stretávame ju až v bogomilskej filozoficko-teologickej koncepcii. Táto časť učenia bogomilov vyvolávala rôzne diskusie medzi religionistami. V 19. storočí prevládala medzi nimi teória, že bogomili prevzali tento koncept z náboženských systémov polabských Slovanov. Vychádzali pritom z diela stredovekého autora Helmolda z Bosau (1120 - 1177), ktorý náboženstvo polabských Slovanov opísal. Podľa jeho správ títo verili, že existuje dobrý boh, od ktorého pochádza dobrý osud, a potom zlý boh, ktorý je pôvodcom zlého ľudského osudu. Táto téza je však sporná. Po prvé preto, lebo Helmold písal o Slovanoch žijúcich na severe, nie o tých, ktorí žili na Balkáne; po druhé, viera v dobrého boha nie je zachytená v nijakom hodnovernom dobovom prameni, a po tretie je viera v „temného" (zlého) boha v slovanskom náboženskom myslení neskoršou teologickou koncepciou, ktorá sa medzi polabskými a pobaltskými Slovanmi mohla rozšíriť zrejme až v dôsledku stretu slovanského náboženstva s kresťanstvom (kresťanskú náuku o padlých anjeloch uchopili po svojom).

Na základe najnovších výskumov religionisti tézu o vplyve slovanských náboženstiev na formovanie teológie bogomilov odmietajú. Dualistická náboženská koncepcia je prítomná v mnohých iných náboženstvách, nie iba u Slovanov. Navyše podstata takzvaného umierneného dualizmu, s ktorým sa stretávame u bogomilov, bola viera v jedného najvyššieho Boha majúceho dvoch synov: dobrého a zlého. Takúto teologickú koncepciu nenájdeme ani u Helmolda, ani v iných prameňoch, ktoré nám približujú náboženstvo Slovanov. V diele Jána Exarchu (prelom 9. a 10. storočia) nachádzame zmienku, že Slovania nazývali diabla najstarším synom Boha, podobne ako manichejci. Súčasní odborníci však zastávajú názor, že táto zmienka svedčí skôr o tom, že bogomili sa svojou misijnou činnosťou väčšmi orientovali na vtedy ešte nekresťanské obyvateľstvo Bulharska, kde mohli ľahšie získať stúpencov svojej viery, ako u ortodoxného kresťanského obyvateľstva.

Ďalšia teória tvrdila, že bogomili čerpali svoje učenie z gnosticizmu, avšak taktiež táto teória sa zdá byť málo pravdepodobná. Bogomilská náuka o pôvode zla nie je blízka gnostickým smerom. Motívom konania Satana u bogomilov bola pýcha; snaha vyrovnať sa Najvyššiemu. Satan je v ich koncepcii Bohu tak blízko, ako sa len dá, bol jeho synom, a to prvorodeným, ktorý sedel po jeho pravici. Toto musíme mať stále na pamäti, keď porovnávame bogomilské teologické učenie s inými náboženskými prúdmi, ktoré môžu navonok mať určité podobné vieroučné prvky. Zlo sa nachádzalo v samej vôli Satana. To úplne vylučuje bogomilov z okruhu typicky gnostických smerov. Genézu vzniku bogomilskej dogmatiky musíme teda hľadať niekde inde.

Podľa ďalšej skupiny súčasných odborníkov má bogomilská teologická koncepcia najbližšiu paralelu v zurvanizme, ktorý bol na Blízkom východe všeobecne rozšírený v Perzii za vlády dynastie Sásanovcov. Podľa tohto učenia je najvyšším božstvom Zurvan, ktorý je otcom jednak dobrého Ormuzda, jednak zlého Arymana. Táto náboženská koncepcia mala s veľkou pravdepodobnosťou vplyv na starých Bulharov ešte v období, keď obývali ruské stepi. Tam mali viac možností kontaktovať sa s Perziou.

Tieto teórie sú zaujímavé a medzi religionistami vedú k rôznym odborným diskusiám a argumentáciám. Predsa sa však zdá, že pri hľadaní paralel medzi teológiou bogomilov a inými náboženskými smermi nemusíme zachádzať až tak ďaleko; najmä nie za hranice kresťanstva. Najviac podobností v oblasti vierouky totiž nájdeme medzi bogomilmi a elkasaitmi. Sekta elkasaitov bola v 3. storočí dosť rozšírená v Mezopotámii. Patril do nej Máního otec a istý čas i sám Mání, pôvodca manicheizmu. V učení elkasaitov nájdeme podstatné teologické tvrdenia bogomilov. Elkasai vo svojej vízii uzrel Boha na výsostiach, ktorý panuje nad všetkým stvorenstvom. Nižšie od neho videl Ježiša Krista a tiež Satana, ktorí sú rovnako zrodení z Boha. Obaja boli predurčení vládnuť; jeden v čase budúcom, druhý v čase terajšom, pozemskom.

Vynára sa tu otázka: Ako mohlo toto učenie, ktoré vzniklo v 3. storočí v Mezopotámii, prežiť a zachovať sa až do 10. storočia a ako sa mohlo dostať medzi Bulharov? S najväčšou pravdepodobnosťou to bolo vďaka mesaliánom. Po prvé preto, že táto sekta vznikla v Mezopotámii sotva sto rokov po vystúpení Máního; Elkasaiovo učenie v tom období ešte v tejto oblasti prežívalo. Po druhé, elkasaiti verili, že Satan a démoni majú veľkú moc nad svetom a životom ľudí. A po tretie, keď antiochijský biskup Flavián v 4. storočí vyhnal mesaliánov z Antiochie, niektoré skupiny týchto heretikov sa uchýlili do Trácie, kde ich prítomnosť potvrdzuje Psellos ešte v 11. storočí. Tak sa dostávame k potvrdeniu téz o pôvode bogomilskej teológie, ktoré vyjadrili byzantskí autori z 11. storočia.

V priebehu 12. storočia sa vytvoril medzi bogomilmi nový prúd, evidentne ovplyvnený radikálnou dualistickou koncepciou manicheizmu. Bola to tzv. Dragovická cirkev, ktorá vznikla v Macedónsku. O náuke tejto vetvy bogomilizmu však nemáme bližšie informácie. Dozvedáme sa o nej iba z diel, ktoré pojednávajú o kataroch.