Prázdnota a formalizmus pohanskej bohoslužby prestali uspokojovať vtedajšieho človeka, ktorý márne túžil po dosiahnutí pravdy a spásy. V časoch náboženskej skepsy, ale aj túžby po vykúpení tak vznikajú predpoklady, na ktoré nadväzovali rôzne variácie gnosticizmu a v 3. storočí i manicheizmus.

Názov gnosticizmus je na prvý pohľad zrejmý (gr. gnósis - poznanie), ale v skutočnosti je veľmi neľahké ho jednoznačne definovať. Jeho vznik časovo spadá do konca 1. a na začiatok 2. storočia. Pritom sa nevyvíjal ako jednoliaty prúd, ale v priebehu svojho vývinu vykazoval množstvo rôznych odchýlok. Všetkým gnostickým variáciám bola spoločnou snaha po zodpovedaní odvekých otázok ľudskej mysle: čo je človek a svet, dobro a zlo, kto je Boh, v čom spočíva pravé šťastie v živote i večná spása a ako to všetko dosiahnuť.

Za vlastnú podstatu gnosticizmu však môžeme označiť názor, že k týmto vrcholným cieľom možno dospieť len hlbokým poznaním, čiže gnózou, v rámci ktorej sa uplatňovali rôzne pojmy gréckej filozofie, orientálne mýty a mystériá, prvky babylonskej astrológie i niektoré biblické námety, aby vzniklo zdanie zdokonaleného židovstva, a najmä kresťanstva. Známymi gnostikmi v 2. storočí boli Kerintos, Valentinos, Basilides a v istom zmysle aj Markion. Ich náuky sa však zásadným spôsobom priečili starozmluvnému židovstvu i kresťanstvu, čo vidieť z nasledujúcej ukážky základných pilierov gnosticizmu:

1. Je to predovšetkým dualizmus, hoci nie vždy rovnako absolútny (existovala aj monistická vetva gnózy), podľa ktorého svetlo (dobro, Boh) a tma (zlo, diabol) sú večné preexistujúce a navzájom protichodné princípy;

2. Podľa toho gnostický dualizmus (vplyv iránskeho dualizmu) ostro rozlišoval svet nebeský, božský (supralunárny) ako ríšu jasu a blaženosti, a svet pozemský (sublunárny) ako miesto temnoty, utrpenia a smrti;

3. Hmotný svet vznikol stvorením prostredníctvom nižších duchovných bytostí - demiurgov. Tieto nižšie duchovné bytosti vzišli emanáciou z Najvyššej bytosti, ktorá sídli v neprístupnom nadhviezdnom jase;

4. Hriech nie je nič iné než spútanie svetlých častíc hmotou a telesnosťou. Vykúpenie je podľa gnostikov vyslobodenie ducha z hmoty, teda zbavenie sa telesnosti, pretože duša je v tele uväznená ako v žalári. V gnóze nie je nepriateľom Boha aktívne zlo, ale hmota ako taká. Preto gnostické spasenie neznamená víťazstvo nad hriechom a smrťou, ale únik duše zo zlého sveta do nebeských sfér;

5. Podľa stupňa telesnosti sú ľudia rozlíšení na hylikoi (gr. hylé - hmota), alebo i sarkikoi a sómatikoi (gr. sarx, sóma - telo), ďalej na psychikoi alebo i pistikoi (vyšší stupeň; gr. psyché - duša; pistis - viera) a napokon na pneumatikoi (gr. pneuma - duch), čo sú skutoční gnostici, u ktorých svetlá, duchovná stránka úplne prevládla nad telom. Podceňovanie hmoty a tela viedlo vo všednom živote k prehnanej askéze, čo zasa na druhej strane kontrastovalo s mravnou bezuzdnosťou v tzv. libertinizme (Zj 2, 8; 2, 15). Paradox tohto faktu je len zdanlivý. Pre gnostikov boli totiž svet a telo také skazené, že bolo možné s nimi zaobchádzať podľa akejkoľvek ľubovôle;

6. Kristus je absolútne duchovná bytosť, jasný Boží eón, ktorý sa len prechodne spojil s človekom menom Ježiš, aby tajomným učením, teda gnózou, prišiel vyvolených poučiť o ceste k večnej blaženosti. Ďalším posunom takéhoto skresleného chápania Krista bol názor, že všetko, čo súviselo s Ježišovou smrťou, bolo len zdanie, respektíve, že jeho telo na kríži bolo len zdanlivé. To už bol doketizmus (gr. dokein - zdať sa), ktorý sa javil ako krajne nebezpečný pre novozmluvnú vieru.