Luther prišiel do Wittenbergu 6. marca 1522. V mestskom kostole kázal nepretržite osem dní, ako správne chápať a vykladať reformy (o omši, kalichu, obrazoch). V kázňach prízvukoval rozdiel medzi podstatnými a vedľajšími vecami. Veľa vecí, ktoré žiadali radikálni a entuziastickí vodcovia, označil za vedľajšie. Sochy, obrazy a iné časti sakrálneho umenia môžu, ale i nemusia v kostoloch zostať. Ich odstránenie malo byť len v prípade, ak by sa stali predmetom uctievania. Smú to však vykonať len tí, čo majú právo s nimi zaobchádzať. Luther tiež vyzdvihol základné podmienky svojej cirkevnej reformy: tolerantnosť voči váhajúcim a slobodu vo vzťahu k vonkajším obradom.

Výsledkom Lutherovej činnosti bolo víťazstvo nad extrémnym obrazoborectvom. Radikáli Karlstadt a Zwilling museli ustúpiť a zwikavskí proroci opustili Wittenberg. Do mesta sa začal vracať pokoj. Profesor Karlstadt onedlho zanechal akademické pôsobenie na univerzite a odišiel so svojimi blúznivými prívržencami gazdovať na vidiek. Neskôr prišiel do Bazileja, kde počas morovej epidémie roku 1541 zomrel. Luther proti jeho názorom napísal spis Proti nebeským prorokom o obrazoch a sviatosti. Po upokojení pomerov Luther opäť začal prednášať na univerzite. V roku 1523 vydal spis O svetskej vrchnosti ako veľmi sú jej ľudia dlžní poslušnosť. V ňom zdôraznil, že vrchnosť má právo a meč, ako zabezpečiť poriadok, aby zbožní občania boli ochránení a zlí potrestaní. Vysvetlil dva spôsoby Božej vlády vo svete. Vládu ľavou rukou Boh vykonáva vonkajším presadzovaním moci v záujme poriadku. Vládu pravou rukou Boh vykonáva nenásilne skrze svoje Slovo.

S tým súvisí známe Lutherovo učenie o dvoch ríšach: duchovnej a svetskej. Hoci zastával ich jednotu, súčasne hovoril o potrebe ich rozlišovania. Duchovná ríša sa zaoberá vierou a spásou, svetská ríša pokojom a obranou pred zlom. Duchovná ríša sa teda vzťahuje k večnému životu, kým svetská ríša slúži životu na zemi. Svetská ríša je síce podriadená duchovnej, ale duchovná ríša (cirkev) potrebuje pokoj a poriadok v spoločnosti, teda výsledky svetskej ríše k tomu, aby sa Božie slovo mohlo zvestovať a sviatosti prisluhovať. Kresťan patrí nielen do duchovnej ríše, do cirkvi, ale aj do svetskej ríše. V duchovnej ríši je človek vedený k viere a láske, v svetskej ríši ho k dobrému správaniu vedú zaužívané pravidlá a meč, t. j. svetský poriadok, zákony. Svetská ríša zahŕňa štát, rodinu, manželstvo, hospodárstvo, všetky činnosti a povolania, teda to, čo vedie k zachovávaniu pozemského života. Medzi obidvomi ríšami má byt súlad, lebo v oboch vládne Boh, hoci rôznymi prostriedkami.

Karlstadtovi blúznivci však pokračovali vo svojej činnosti i po smrti svojho vodcu. Viedli ich Gašpar Schwenkfeld, Sebastian Frank a Ján Denk, ktorí vo verejnosti stupňovali napätie až po hrozbu násilia. V Durínsku zakladali tajné zväzy revolučne naladených sedliakov. Na ich čele stál Tomáš Müntzer, pôvodne kazateľ vo Zwickau. Vystupoval ako nezmieriteľný nepriateľ kniežat, Katolíckej cirkvi i samotného Luthera. Vo svojom rojčení a utopistických víziách sa odvolával na nadprirodzené osvietenie. Zároveň pripravoval otvorenú vzburu proti svetskej i cirkevnej vrchnosti. Po prekonaní sporov s Karlstadtovými radikálmi musel teraz Luther čeliť oveľa nebezpečnejšiemu protivníkovi. Bol ním fanatický Müntzer a ním rozpútané sedliacke povstanie v roku 1525. Luther sa právom obával jeho zhubných dôsledkov pre svoje reformačné dielo.