Obdobie raného stredoveku je charakteristické aj obdobím istej nediskutovateľnej viery a priam príkladnej podriadenosti učiteľskému úradu Cirkvi. Kresťanský Západ ostal vo svojom teologickom smerovaní takmer nedotknutý. Jednou z príčin bolo aj sťahovanie národov a nedostatok stability na to, aby sa teologická veda mohla rozvíjať. Ak sa aj objavili herézy menšieho rozsahu, bolo to zväčša na Východe. Kde-tu možno síce sledovať konfliktné pojednávania aj na Západe, ale tie sa odohrali zväčša v „akademickej" rovine bez účasti širšej verejnosti a pomerne rýchlo sa aj skončili.

Medzi vznikajúce heretické hnutia tohto obdobia patrí adopcianizmus, ktorý je vlastne dozvukom nestoriánskeho sporu na rozhraní 4. a 5. storočia. Kolískou tohto názoru je Španielsko a pôvodcom je Migetius z okolia Sevily, ktorý v duchu učenia kňaza Sabélia z prvokresťanských čias rozširoval trojaké Božie zjavenie. Boh sa podľa neho zjavil Dávidovi ako Otec, v Kristovi ako Syn a v Pavlovi ako Duch Svätý. Dišputu s ním viedol arcibiskup z Toleda Elipandus, ku ktorému sa pripojil aj biskup Félix z Urgel. Vo svojich názoroch sa dostali do extrémnej roviny. Podľa nich je Ježiš Kristus na základe svojej Božej prirodzenosti vlastným Synom Boha, ale ako človek je len adoptívnym synom. Opát Beatus z Libany a biskup Eterio z Osmy so súhlasom pápeža Hadriána I. zavrhli tento „nový nestorianizmus". Spor sa odohrával v časoch vlády Karola Veľkého, ktorý často zasahoval aj do vnútorných záležitostí Cirkvi, no nie vždy najšťastnejšie. Ako panovník totiž pokladal za svoju povinnosť chrániť čistotu viery vo svojej ríši a sporné otázky dal preskúmať na synode v Ratisbone (792) a vo Frankfurte (794). Synodálni otcovia zavrhli adopcianizmus a následne aj sám pápež Lev III. odsúdil túto herézu na Rímskej synode v roku 798. Proti nesprávnemu učeniu písomne bojoval aj anglosaský učenec pôsobiaci na dvore Karola Veľkého a neskorší opát v Tours, Alkuin. Adopcianizmus zanikol smrťou jeho pôvodcov v polovici 9. storočia.

Pomerne veľkú a niekoľko storočí trvajúcu dišputu vyvolala otázka Filioque. Predmetom dišputy bolo pochádzanie Ducha Svätého. Na II. všeobecnom koncile konanom v Carihrade v roku 381 sa definovalo, že Duch Svätý vychádza z Otca. V 5. storočí v Španielsku sa k tomu pridalo aj vyjadrenie, že pochádza aj od Syna - „qui ex Patre Filioque procedit" (ktorý vychádza z Otca i Syna). Na druhej strane podľa východných teológov by malo správne znieť: „z Otca skrze Syna". V 8. storočí bola „západná" formulácia známa aj vo Francúzsku. V Cividale ju v roku 796 bránil patriarcha Pavlin z Aquileje. Používala sa v dvornej kaplnke Karola Veľkého a možno sa s ňou stretnúť aj u franských mníchov pôsobiacich v Jeruzaleme na Olivovej hore, voči čomu mali mnohí na Východe veľké výhrady a označili mníchov priam za heretikov. Vlastne oni dali podnet na to, aby sa touto skutočnosťou teológovia zaoberali, čo sa v diele De Spiritu Sancto napokon aj stalo. Autorom tejto knihy je biskup Teodolf z Orleán. Synoda v roku 809 túto formuláciu schválila. Pápež Lev III. si z hľadiska už narušeného vzťahu ku Grékom počínal opatrne, a preto neschválil jej používanie. Dokonca dal v Chráme sv. Petra zhotoviť dve veľké strieborné tabule, do ktorých bolo vytesané Vyznanie viery po latinsky a grécky bez Filioque. Všeobecne formuláciu pochádzania Ducha Svätého v takejto forme v Rímskej cirkvi schválil pápež Benedikt VIII. až v roku 1014. Pri rozporoch medzi kresťanským Východom a Západom tento spor zohral jednu z najdôležitejších príčin, ktorá viedla k východnému rozkolu v roku 1054, aj keď dnes možno konštatovať, že nešlo o záležitosť dogmatickú, ale skôr išlo o nedostatok porozumenia z jednej či druhej strany pre pochopenie formulácie daného tajomstva.

Ďalšou príčinou vzniknutého rozkolu v 11. storočí bola aj otázka uctievania obrazov, aj keď táto záležitosť sa zväčša odohrala na Východe. Cisár Lev III. po jednotlivých čiastočných zákazoch (v roku 726 a 728) vydal v roku 730 zákaz uctievania obrazov pre celú ríšu, čím sa kresťania rozdelili na dve skupiny. Väčšina sa pod vedením mníchov zasadzovala za zachovanie obrazov. V mnohých oblastiach pritom zohrala veľkú úlohu politická situácia, zvlášť vo vtedajšej južnej Itálii, kde sa pápež Gregor III. na rímskej synode vyslovil proti cisárskemu opatreniu, čím sa rozpor medzi Východom a Západom opäť vyostril. Synoda v Hierei v roku 754 za cisára Konštantína V. nariadila zničenie všetkých obrazov s náboženským motívom. Územím Východorímskej ríše sa prevalila vlna vzbúr, prenasledovaní a popráv - najmä mníchov, ktorí boli neohrozenými obrancami obrazov. Tento stav trval s prestávkami vyše sto rokov. (Niektorí mnísi v tomto období prišli na územie Západorímskej ríše, napr. do Ríma, kde založili kláštory východného typu.) Konštantinopolský patriarcha Germanus a najväčší teológ tých čias Ján Damascénsky († 754) sa slovom, ale i písmom postavili cisárovi na odpor. Cisárovná Irena (780 - 802) obrazoborecký boj zastavila a otázku uctievania obrazov riešila na 7. všeobecnom koncile v Nicei konanom v roku 787. (Bol to posledný všeobecný koncil, na ktorom sa zišli zástupcovia východnej a západnej cirkvi; zo Západu na ňom boli prítomní dvaja pápežskí legáti.) Koncil vyjasnil spor tým, že rozlíšil pojmy uctievanie a klaňanie. Klaňanie (latreia) prináleží jedine Bohu; úcta (proskynesis) sa môže vzdávať i tvorom. Podľa uznesenia snemu hodnota posvätného obrazu (ikony, gr. eikon) nie je v ňom samom, ale v tom, že vedie k svätcovi či k tajomstvu, ktoré zobrazuje: Kto uctieva obraz, ctí si tým zobrazeného. Lenže ani po teologickom vyriešení sporu na Východe vec vyriešená prakticky nebola. Rímski biskupi aj naďalej viackrát protestovali proti obrazoborectvu. Sporom sa zaoberali niektoré ďalšie synody, až konečne v roku 842 katolícku náuku o úcte obrazov definitívne prijali, najmä zásluhou cisárovnej Teodory (842 - 856). Na pamiatku víťazstva úcty obrazov vo východnej cirkvi zaviedli sviatok „ortodoxie", ktorý prvý raz slávili 19. februára 843. Doteraz má vo východnej liturgii svoje miesto.

Avšak spor, ktorý bol na Východe vyriešený, sa v inej forme preniesol na Západ, kde „cisár Západu" Karol Veľký v samovládnom počínaní cisárovnej Ireny, ktorá zvolala všeobecný koncil a zaslúžila sa o vyriešenie vieroučného problému bez toho, aby sa ho pýtala na stanovisko, videl porušenie rovnoprávnosti Franskej ríše s Východom. Chápal to ako osobnú urážku, čo sa prejavilo aj v odmietnutí politického sobáša jeho dcéry Rotrudy s Ireniným synom Konštantínom VI.

Cisár Karol dal v roku 790 podnet na spísanie tzv. Libri Carolini, v ktorých Nicejský snem spochybnil. Jeho autori, Alkuin alebo skôr Teodulf Orleánsky, sa dostali z hľadiska hodnotenia koncilu k omylu, pretože latinský preklad mal pre grécke termíny proskynesis a latreia len jedno vyjadrenie: adoratio. Spis sa chápal ako protest Franskej ríše proti nárokom Byzancie, a to nielen v politickej, ale (mylne) aj v dogmatickej oblasti. Protest proti uzneseniu Východu vidieť aj v tzv. frankfurtskej synode z roku 794, ktorá sa vyhlasovala za všeobecný koncil; nikdy však nedosiahla potvrdenie pápežom, keďže išlo len o ríšsku synodu. Tieto cisárove protiakcie naznačovali snahu vyrovnať sa východnému cisárstvu.

Situácia sa vyostrila, keď pápež politicky a cirkevne rozšíril svoj vplyv na dolnú Itáliu a na Dalmáciu. K prvému zlomu došlo v roku 867. V spore o kreslo patriarchu sa Ignác, ktorý bol prinútený odstúpiť, odvolal na pápeža proti svojmu nástupcovi Fóciovi, ktorého podporoval cisársky dvor. Fócius sa okrem toho domáhal i súdnej právomoci v južnej Itálii a bojoval proti účinkovaniu rímskych misionárov v Bulharsku. Mikuláš I. žiadal o zosadenie Fócia. Výsledkom bola synoda východných patriarchátov (Antiochia, Alexandria, Jeruzalem a Carihrad), ktorá - v prítomnosti cisára - vylúčila rímskeho biskupa z Cirkvi kvôli heréze. Táto schizma našťastie netrvala dlho. Nový cisár Bazil I. Macedónsky povolal späť starého patriarchu a opäť sa spojil s Rímom. Fócius bol v rokoch 869 - 870 na koncile v Carihrade (8. všeobecný koncil) exkomunikovaný na rozkaz pápeža Hadriána II. (867 - 872). Avšak už o osem rokov neskôr bol opäť patriarchom. Po smrti Ignáca († 877) sa s cisárovým súhlasom zasa mohol ujať svojho starého úradu, a pretože latinská Cirkev dúfala v pomoc Byzancie proti Saracénom, bol ochotný ho uznať aj nový pápež Ján VIII. Z toho je zjavné, ako hlboko zasahovali politické a cisárske záujmy (cézaropapizmus) do vnútrocirkevného života.

Schizme sa však už ťažko dalo zabrániť. Patriarcha Cerularius (od roku 1043) spory medzi Východom a Západom priviedol ku kritickému bodu. Ťažko povedať, čo ho viac podnecovalo: úmysel zabrániť pápežskej jurisdikcii v južnej Itálii, alebo zmenšiť „deformácie" (v jeho očiach) v západnej cirkvi, či jeho ctižiadosť vykonávať vo východnej cirkvi službu podobnú pápežovi. V každom prípade viedol dôslednú a vedomú dištančnú kampaň. V roku 1053 zatvoril latinské kostoly a kláštory v Carihrade. Listy napísané z jeho poverenia ostro kritizovali západné „omyly": napríklad, že sa na zhotovenie hostie použil nekvasený chlieb (azyma), že vraj jedia mäso zo zadusených zvierat, v ktorých je ešte krv, že vynechávajú „aleluja" v pôstnom čase, že ich kňazi sa nesmú ženiť a pod. Nakoniec pribudla ešte aj výčitka ohľadom už spomínaného Filioque. Kardinál Humbert da Silva Candida, ktorého Lev IX. poveril vyvrátením obžaloby, bol taký inteligentný ako trúfalý, že sa neuspokojil iba s teologickou obranou, ale napadol zasa on Grékov a vo svojej práci Dialogus (1053) vyhlásil manželstvo kňazov praktizované u nich a schválené Nicejským koncilom (325) za „cudzoložstvo" a ich poňatie Ducha Svätého za mylné učenie. Navyše im pohrozil aj exkomunikáciou.

Pamätný 16. júl 1054 sa stal dňom odluky trvajúcej až do týchto dní. Aj napriek tomu, že ani jedna, ani druhá strana neexkomunikovala Cirkev na Východe či na Západe, ale išlo len o osobnú exkomunikáciu. Do tejto schizmy boli postupne zatiahnuté aj cirkevné spoločenstvá závislé od Byzancie: Rusi, Bulhari a Srbi. Ako málo toto rozštiepenie ťaží individuálne osoby, ukazuje skutočnosť, že sa od neho neskôr neupustilo a neboli úspešné ani pokusy o opätovné nastolenie jednoty Cirkvi (ako napríklad na Druhom koncile v Lyone v roku 1274 alebo na zjednocujúcom koncile vo Ferrare - Florencii v roku 1439). Až v tomto storočí sa postupne zlepšujú vzťahy s grécko-ortodoxnou Cirkvou, čo viedlo k tomu, že 7. decembra 1965 v Ríme i v Carihrade v tú istú hodinu zrušili kliatbu z roku 1054.