V povojnovej histórii Nemeckej spolkovej republiky sa nestalo, aby ju niekto obviňoval z porušovania náboženskej slobody. Stalo sa tak až v minulom roku, a boli to paradoxne práve Spojené štáty americké - jeden z najbližších nemeckých spojencov. Jablkom sváru medzi oboma krajinami je scientologická cirkev, ktorá je terčom útokov nemeckých politikov a ktorú na druhej strane obhajujú napríklad poprední americkí umelci John Travolta a Tom Cruise. Sekta, ktorá vznikla v USA, je v tejto krajine úplne legálna, naopak, v Nemecku rozhodli, že bude sledovaná kontrarozviedkou. O podrobení sekty štátnej kontrole rozhodla v máji 1997. v Bonne konferencia spolkového ministra vnútra Manfreda Kanthera s jeho rezortnými partnermi zo všetkých 16 nemeckých spolkových krajín. Kanther vyhlásil, že po „niekoľkoročnom pozorovaní existuje podozrenie, že scientológovia sledujú protiústavné ciele".

Ministerská konferencia sa preto uzniesla dať sektu podrobiť protiextrémistickej kontrole Spolkového úradu na ochranu ústavy, ktorý má do 12 mesiacov predložiť príslušnú správu. Hierarchicky štruktúrovaná sekta je v Nemecku vnímaná ako organizácia, ktorá disponuje viacerými hospodárskymi podnikmi, zarába peniaze a usiluje sa o moc. Aktívna je najmä v podnikovom poradenstve, manažmente a v obchode s nehnuteľnosťami. Nemecký minister práce Norbert Blüm ju označil za „zločineckú organizáciu na pranie peňazí". Niektorí politici sa vyslovovali aj za bojkot amerických filmov s Tomom Cruisom a Johnom Travoltom.

Americké ministerstvo zahraničných vecí začiatkom roka vo výročnej správe o dodržiavaní ľudských práv kritizovalo Nemecko za kroky proti scientologickej cirkvi, ktorá vyhlasuje, že v tejto krajine má 30 000 členov. Aj ministerka zahraničných vecí USA Madeleine Albrightová sa počas návštevy Nemecka zaujímala o tento spor. Skupina asi troch desiatok hollywoodskych hviezd, medzi ktorými bol napríklad herec Dustin Hoffman, v januári 1997 zverejnila otvorený list kancelárovi Helmutovi Kohlovi, v ktorom obvinila Nemecko z organizovaného prenasledovania scientologickej sekty a prirovnala to k nacistickej perzekúcii. Kancelár odmietol na výzvu reagovať. Po minuloročnom oznámení, že sekta bude pod kontrolou rozviedky, scientológovia opäť obvinili nemeckú vládu z používania „gestapáckych praktík". V tejto afére medzi Washingtonom a Bonnom však nemecký minister zahraničia Klaus Kinkel odmieta výhrady ako bezdôvodné. Podľa niektorých pozorovateľov ide čiastočne o kultúrny spor, pretože sekty typu scientológov alebo Svedkov Jehovových, ktoré vznikli v USA, vníma americká spoločnosť ako nespochybniteľný prejav náboženskej a individuálnej slobody. Naopak, Európa nerada prijíma psychologicko-manipulačné techniky týchto cirkví kombinované s významnými finančno-majetkovými aktivitami. Nemecko sa však musí držať medzinárodného práva, to znamená, že bude musieť predložiť dôkazy o machináciách scientológov. A aj v prípade takýchto dôkazov nebude môcť zasahovať proti sekte ako celku, ale len proti jednotlivým členom. Inak sa bude pobúrenie v USA nad postojom Bonnu k scientológom stupňovať.