Z heretických hnutí, ktoré sa prejavovali v období vrcholného stredoveku, sa udržala predovšetkým skupina valdenských. Ich najradikálnejšia odnož - lombardská - mala v 14. storočí prívržencov v Nemecku, vo Švajčiarsku, v Čechách, ale aj v Rakúsku, Uhorsku a v Poľsku. Názory tohto hnutia boli najrozšírenejšie medzi ľudovými vrstvami. Existovali v podobe tajného združenia, aby tak unikli inkvizícii. Zúčastňovali sa, aby nevzbudili podozrenie, aj na katolíckych bohoslužbách. Valdenskí misionári mali kontakt s jednotlivými skupinami, konali tam bohoslužby a spovedali svojich veriacich. Začiatkom 15. storočia boli rozšírení aj v Prahe, niektoré názory v tomto duchu sa objavili i na Karlovej univerzite. Jedným z ich predstaviteľov bol Mikuláš z Drážďan.

Dobrovoľné združenia nábožných panien a vdov (bekyne) a mužov (begardi), ktorí žili mníšsky život, avšak bez rehoľných sľubov, prežívali v tomto období krízu. Hoci mnoho ich členov sa usilovalo o nasledovanie Krista, zvlášť v Nemecku sa objavili jednotlivci i skupiny ovplyvnené spiritualistickými predstavami fraticellov (extrémneho krídla minoritov), ktorí odmietali cirkevnú hierarchiu. Odsúdil ich Viennenský koncil (1312) bulou Exivi de paradiso. Proti neposlušníkom použil pápež Klement V. exkomunikáciu.

Otázka extrémnej chudoby často zamestnávala rozličných reformátorov ako spôsob dokonalého nasledovania „Krista chudobného a poníženého". S touto otázkou sa musel vážne zaoberať aj pápež Ján XXII. v súvislosti s frakciou extrémistických františkánov, ktorí sa oddelili od rádu - spirituálov. Štyria z tejto skupiny boli odsúdení inkvizíciou na trest smrti roku 1318 v Marseille.

Ján XXII. sa v polemike o Kristovej chudobe dostal aj neskoršie do sporu s rehoľou františkánov. Kapitula rádu zídená v Perugii roku 1322 slávnostne vyhlásila za správnu náuku, že Kristus a apoštoli nemali ani individuálny ani spoločný majetok, a že tento príklad chcú nasledovať aj ako ideál dokonalosti minoriti. Pápež bulou Cum inter nonnullos (1323) zavrhol toto vyhlásenie ako heretické. To rozdelilo rehoľu a generál rádu Michal di Cessena, Wiliam Occam a bratia Bonagrazia z Bergama prešli (aj z iných príčin) na stranu cisára Ľudovíta Bavorského a vo svojich dielach ním podporovaní útočili na pápeža, ktorého vyhlásili za heretika. Dokonca bol nominovaný aj protipápež pochádzajúci z františkánov pod menom Mikuláš V. (1328-1330). Definitívny spor vo františkánskej reholi o otázke chudoby bol vyriešený za pontifikátu Leva X. roku 1517 bulou Ite vos in vineam - z toho vzišli dve vetvy, prísnejší observanti a miernejší konventuáli. Podobný problém v tomto období jestvoval aj v reholi karmelitánov, ktorí sa postupne tiež rozdelili na dve vetvy, tak ako je to dodnes.

Skupina, ktorá sa hlásila k bratom a sestrám slobodného ducha, sa vyjadrovala o človeku v extrémnych predstavách ako o bytosti neschopnej hriechu, ktorá nepotrebuje na spásu Cirkev a sviatosti. Neuznávali reálnu prítomnosť Ježiša Krista v Eucharistii a pokladali ju len za obraznú. Nepovažovali preto za potrebné prejavovať jej primeranú úctu, alebo dokonca ju prijímať, lebo sú s Bohom dokonale spojení; úplne s ním splynuli. Niektorí dokazovali tieto tvrdenia náboženskou pravdou, že Boh je všadeprítomný, nielen v Eucharistii. Možno tu vidieť panteistické a kvietistické názory, objavujúce sa aj o pár storočí neskoršie.

Za oveľa nebezpečnejšie než ľudové herézy sa pokladali nesprávne intelektuálne názory. Jedným z predstaviteľov tohto smeru je anglický majster John Wiclef. Pomery v Anglicku boli v 14. storočí veľmi neurovnané. Prehnané finančné nároky pápežskej kúrie, bohatstvo a privilegované postavenie kléru budili proticirkevnú náladu; sociálne postavenie ľudu, preťaženého prácou, bolo neprimerané. Wiclef, pôsobiaci na univerzite v Oxforde, pred širšou verejnosťou vystúpil, keď sa parlament uzniesol, že sa už pápežovi nebude odvádzať lénny poplatok. Wiclef to obhajoval a hlásal, že svetská moc má právo odobrať kléru svetské statky, ak ich zneužíva. Potom pokročil ďalej a od roku 1376 horlil proti pápežskému zdaňovaniu a obsadzovaniu anglických benefícií; vyberanie annátov a peňazí pri príležitosti udelenia odpustkov označil za simóniu a žiadal, aby sa kléru odobrali svetské majetky a kňazom sa tak umožnilo žiť v apoštolskej chudobe a venovať sa len dušpastierskym povinnostiam. Pápež Gregor XI. sa opätovne dožadoval, aby sa proti Wiclefovi zakročilo. Wiclef však mal mocných ochrancov na dvore medzi lordmi. Keď roku 1378 vypukla pápežská schizma, Wiclef v nej videl zrelý plod „skazenosti Cirkvi" a začal proti nej zbrojiť zásadne z pozície filozofického realizmu, ktorý zastával.