Wiclef si vytvoril celkom nový pojem Cirkvi. Pápežstvo je podľa neho zbytočné. Jedinou hlavou Cirkvi je Kristus. Pravými členmi Cirkvi sú len tí, ktorí sú bez hriechu, milujú Krista a v duchu Krista konajú. Bez hriechu zostávajú iba tí ľudia, ktorých Boh na to pred začiatkom sveta predurčil. Žiadna autorita, cirkevná ani svetská, nie je platná a jej rozkazy sa nesmú poslúchať, ak ten, kto ich zastáva, stratil hriechom posväcujúcu milosť. Z takýchto zásad plynuli ďalšie závažné dôsledky. Ak Boh dopredu rozhodol o konečnom osude človeka, je zbytočný rehoľný život, úcta svätých a ich pozostatkov, modlitby za zomrelých, odpustky a vlastne i sviatosti. V čoraz väčšmi stupňovanom radikalizme Wiclef výslovne zavrhol ušnú spoveď, birmovanie, pomazanie nemocných, následne spochybnil Eucharistiu (transsubstanciu), a tým aj sviatostné kňazstvo. Bibliu, ktorej exegéza kvitla od čias Rogera Bacona, vyhlásil za jediný prameň kresťanskej náuky, ale tiež za jedinú autoritu vo veciach svetských. Preto sa tiež pričinil o jej preklad do ľudovej reči a sám, ako sa zdá, preložil Nový zákon. Wiclefa pre jeho znalosť Biblie nazývali „doctor angelicus". Nešlo však len o teoretickú rovinu. Keď Wiclef v samých základoch otriasol autoritou Cirkvi, mohol jeho stúpenec John Ball postúpiť ďalej a pokúsiť sa otriasť i autoritou svetskou. John Ball bol revolucionár a najradšej by bol povraždil všetkých nadriadených. Sedliaci počúvali jeho kázne a roku 1381 sa dali strhnúť k otvorenej vzbure, ktorú bolo nevyhnutné krvavo potlačiť. Potom sa už Wiclef netešil priazni kráľovského dvora. Keď canterburský arcibiskup jeho náuku roku 1382 odsúdil, musel opustiť Oxford. Odišiel na dedinskú faru do Lutterworthu, kde roku 1384 zomrel. Krátko pred smrťou napísal hlavné dielo Trialogus, v ktorom vysvetlil svoje názory o Cirkvi.

O niekoľko rokov po smrti sa spustila proti nemu lavína nesúhlasu. Roku 1413 pápež Ján XXIII. odsúdil všetky Wiclefove diela a o dva roky nato Kostnický koncil odsúdil jeho 45 téz. Medzi nimi aj tieto: „Ak žije biskup alebo kňaz v stave smrteľného hriechu, potom nemôže s platnosťou posväcovať, ani premieňať, ani udeľovať sviatosti, ani krstiť; V evanjeliu nestojí, že Kristus prikázal omše; Ak človek úprimne oľutuje svoje hriechy, potom je spoveď zbytočná a nepotrebná; Ak je pápež zatratený a zlý a následne je údom diabla, nemá moc nad veriacimi, iba keby mu bola daná od cisára; Svetskí páni môžu svojvoľne vziať Cirkvi majetky, ak ich majitelia žijú bežne v stave hriechu." Ukázalo sa, že tieto tézy sú také nebezpečné, že pápež Martin V. nariadil, aby boli Wiclefove diela zničené a biskupovi z Lincolnu rozkázal, aby dal vykopať Wiclefove kosti a dal ich spáliť, čo sa aj roku 1428 stalo. Ďalšie praktické dôsledky jeho náuka v Anglicku nemala. Štátna moc sa postavila na stranu Cirkvi a Wiclefových prívržencov, ktorým sa hovorilo lollardi, potlačila.

Ohľadom reformátora Girolamo Savonarolu, ktorý zahynul na hranici vo Florencii 23. mája 1498, už vieme, že za jeho smrť nenesie zodpovednosť Cirkev, ale dnes už nejestvujúca Florentská republika. Tam premenil tento dominikán a predstavený kláštora San Marco po vyhnaní Mediciovcov mesto na „Boží štát" (1494), v ktorom mal občiansky život prebiehať len celkom podľa jeho predstáv (napr. procesie a duchovné hry namiesto karnevalu, zrieknutie sa luxusu a šperkov, zákaz návštevy šermiarskych a tanečných škôl, častejšia spoveď a prijímanie Eucharistie, častá spoločná modlitba). Zrážka s pápežom Alexandrom VI., ktorý chcel mesto pripojiť ku svätej Lige, hoci ono sa prikláňalo k Francúzsku, nenechala na seba dlho čakať. Zákaz prejavu na verejnosti mal výrečného kňaza obrať o jeho najdôležitejšiu zbraň. Zlyhali mnohé pokusy o vysvetlenie písomnou formou alebo prostredníctvom poslov. Ako neskôr u Luthera, dozrelo aj u Savonarolu presvedčenie, že pápežovi chýba dobrá vôľa, ba že nie je ani kresťan. Savonarola na rozdiel od Luthera neodsúdil úrad pápeža, len „nehodnú osobu" zastávajúcu úrad. Keď pápež exkomunikoval Savonarolu a pohrozil tým aj celému mestu, ak nič nepodniknú proti tomuto mníchovi, dosiahli Savonarolovi nepriatelia u mestskej rady, aby ho zatkli. Mučením si vynútili priznanie formulované právnikom, že nie je zoslaný Bohom a že ľudí podviedol. Pred predstaveným dominikánov, ktorý prišiel z Ríma, však svoje výpovede odvolal. Keď sa odmietol podrobiť „skúške ohňom" - ako predtým sľúbil - bol pod nátlakom ľudu s dvoma rehoľnými spolubratmi obesený a spálený. Jeho popol starostlivo vyzbierali a hodili do rieky Arno. Po 400 rokoch na miesto Savonarolovej popravy umiestnili pamätnú tabuľu a od roku 1955 sa dominikáni usilujú o jeho vyhlásenie za blahoslaveného.